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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattttctccctcattgatgatactagacatgcttttcttggttttctgatggtcagtgttgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGATGAAAGCCTGGATAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G866758_T02
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78087735|gb|DV516128.1|DV516128
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAA
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAA
EST: gi|148999650|gb|EE036638.2|EE036638
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTAT-CCG                         GTTTCA-GTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCCACATTAATTG
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTT-CAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTG
EST: gi|20300202|gb|BQ163145.1|BQ163145
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCA-CATTAATT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATT
EST: gi|149017000|gb|EE045657.2|EE045657
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTNCA-GTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCC
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTT-CAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCC
EST: gi|31909501|gb|CD650950.1|CD650950
EST:     GTGG-GCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
genomic: GTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
EST: gi|18661821|gb|BM501596.1|BM501596
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
EST: gi|76284260|gb|DV023828.1|DV023828
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
EST: gi|22490495|gb|BU050418.1|BU050418
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAA-CCCCC
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCC
EST: gi|18450558|gb|BM428836.1|BM428836
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
EST: gi|148983224|gb|EE029187.2|EE029187
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCCACATTAATTG
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTG
EST: gi|18654813|gb|BM499618.1|BM499618
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
EST: gi|87152006|gb|DY396795.1|DY396795
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
EST: gi|148965993|gb|EE016923.2|EE016923
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
EST: gi|20300665|gb|BQ163608.1|BQ163608
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATT
EST: gi|149009773|gb|EE041672.2|EE041672
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCCTGT-GGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAAT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCC-TGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAAT
EST: gi|211292808|gb|FL187022.1|FL187022
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
EST: gi|19821841|gb|BQ047865.1|BQ047865
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATT
EST: gi|22490486|gb|BU050409.1|BU050409
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCC
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCC
EST: gi|89106507|gb|DY576724.1|DY576724
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATT
EST: gi|18964777|gb|BM661218.1|BM661218
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTNGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATT
EST: gi|22490195|gb|BU050118.1|BU050118
EST:     GTGGAATTGCTGCTCG-GACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
EST: gi|19770473|gb|BQ035194.1|BQ035194
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATT
EST: gi|31353258|gb|CD437615.1|CD437615
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
EST: gi|78091716|gb|DV520090.1|DV520090
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
EST: gi|20300437|gb|BQ163380.1|BQ163380
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATT
EST: gi|67042602|gb|CO468857.1|CO468857
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGAATATCCCG                         GTTCAGGT-CCTGTTGGGAGAGGAACACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAG
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
EST: gi|19058058|gb|BM736725.1|BM736725
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAATGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCC
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCC
EST: gi|76921562|gb|DV168618.1|DV168618
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCCACATTAATTGAGAGAGAT
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGAT
EST: gi|50324587|gb|CO519713.1|CO519713
EST:     GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCG                         GTTCAAGTTCCTGTTGGTAG
genomic: GTGGAATTGCTGCTCGTGACAGTGGTGCTTTTGCATGGGAGATTATTCCGgtaattttct ... tgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatgatactagacatgcttttcttggttttctgatggtcagtgttgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGATGAAAGCCTGGATAAG
                             ttctgat  putative branch site (score: 3)
                  ttttctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtaattttctccctcattgatgatactagacatgcttttcttggttttctgatggtcagtgttgtcacccagGTTCAAGTTCCTGTTGGTAGAGGAAAACCCCCAACATTAATTGAGAGAGATGAAAGCCTGGATAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG