Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttgaaagttcaagttacatataatctgtaatgtcaggagaacatttctcccttgttttctcagcgtcaatgaattatttacattttgttactgatgcagGAATGTTGATGGATCTTTTGAGCCCTCTGTTTCCTTCATCGTTGATAGTTATAATGTGCTTAGGCAGCCTGTCTAGGTCATTCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G846548_T02
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G846548_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os03g11500.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
cttgaaagttcaagttacatataatctgtaatgtcaggagaacatttctcccttg-----ttttctcagcgtcaatgaat--tatttacattttgttactgat---gcagGAATGTTGATGGATCTTTTGAGCCCTCTGTTTCCTTCATCGTTGATAGTTATAATGTGCTTAGGCAGCCTGTCTAGGTCATTCA
        | ||  | ||||  |||||| | |   |  | | | ||| |    ||     |  |   ||  |||| | ||  ||      |||  ||  || |   ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| | || ||||
--------tgcatttcacatggaatctggatt--taaaaaatcctttgtttaatgcgaattccttgtagtatcaaagtatgctagcagagtttgtttgttggttttgcagGGATGTTGATGGATCTCTTAAGCCCTCTGTTTCCTTCATCATTGATTGTTATAATGTGTTTAGGCAGCCTATCTCGATCCTTCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18654521|gb|BM499326.1|BM499326
EST:     TAGCAATGCTAAAATGTGGCGTCTAGTTGCAGACTTTATGAATGACCTTG                         GAATGTTGATGGATCTTTTGAGCCCTCTGTTTCCTTCATCGTTGATAGTTA
genomic: TAGCAATGCTAAAATGTGGCGTCTAGTTGCAGACTTTATGAATGACCTTGgtaatgttca ... actgatgcagGAATGTTGATGGATCTTTTGAGCCCTCTGTTTCCTTCATCGTTGATAGTTA
EST: gi|18654522|gb|BM499327.1|BM499327
EST:     TAGCAATGCTAAAATGTGGCGTCTAGTTGCAGACTTTATGAATGACCTTG                         GAATGTTGATGGATCTTTTGAGCCCTCTGTTTCCTTCATCGTTGATAGTTA
genomic: TAGCAATGCTAAAATGTGGCGTCTAGTTGCAGACTTTATGAATGACCTTGgtaatgttca ... actgatgcagGAATGTTGATGGATCTTTTGAGCCCTCTGTTTCCTTCATCGTTGATAGTTA
EST: gi|18649151|gb|BM497970.1|BM497970
EST:     TAGCAATGCTAAAATGTGGCGTCTAGTTGCAGACTTTATGAATGACCTTG                         GAATGTTGATGGATCTTTTGAGCCCTCTGTTTCCTTCATCGTTGATAGTTA
genomic: TAGCAATGCTAAAATGTGGCGTCTAGTTGCAGACTTTATGAATGACCTTGgtaatgttca ... actgatgcagGAATGTTGATGGATCTTTTGAGCCCTCTGTTTCCTTCATCGTTGATAGTTA
EST: gi|88755251|gb|DY539392.1|DY539392
EST:     TAGCAATGCTAAAATGTGGCGTCTAGTTGCAGACTTTATGAATGACCTTG                         GAATGTTGATGGATCTTTTGAGCCCTCTGTTTCCTTCATCGTTGATAGTTA
genomic: TAGCAATGCTAAAATGTGGCGTCTAGTTGCAGACTTTATGAATGACCTTGgtaatgttca ... actgatgcagGAATGTTGATGGATCTTTTGAGCCCTCTGTTTCCTTCATCGTTGATAGTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctcccttgttttctcagcgtcaatgaattatttacattttgttactgatgcagGAATGTTGATGGATCTTTTGAGCCCTCTGTTTCCTTCATCGTTGATAGTTATAATGTGCTTAGGCAGCCTGTCTAGGTCATTCA
                                            tactgat  putative branch site (score: 2)
                       aatgaattatttacat  TA-rich tract