1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...gacaaacccagccagaagtatctatattttgggatgtaggtagtagtcgataatgtttgttgtgtatggaaaaaaatcaacatatccctgggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCAGATGGGCTGTTGCCAATGGAGCTGGAGTTATATTAAGTGTCTGTGATGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G844173_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG CTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCTAEST: gi|32842384|gb|CD982065.1|CD982065
genomic: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTGgttggtaaaa ... ggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCA
EST: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG CTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCTAEST: gi|148956314|gb|EC902116.2|EC902116
genomic: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTGgttggtaaaa ... ggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCA
EST: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG CTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGEST: gi|32842680|gb|CD982361.1|CD982361
genomic: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTGgttggtaaaa ... ggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAG
EST: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG CTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCTAEST: gi|32842398|gb|CD982079.1|CD982079
genomic: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTGgttggtaaaa ... ggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCA
EST: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG CTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCTAEST: gi|32842301|gb|CD981982.1|CD981982
genomic: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTGgttggtaaaa ... ggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCA
EST: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG CTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCTAEST: gi|32842595|gb|CD982276.1|CD982276
genomic: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTGgttggtaaaa ... ggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCA
EST: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG CTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCTAEST: gi|32842361|gb|CD982042.1|CD982042
genomic: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTGgttggtaaaa ... ggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCA
EST: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG CTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCTAEST: gi|32842489|gb|CD982170.1|CD982170
genomic: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTGgttggtaaaa ... ggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCA
EST: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG CTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCTAEST: gi|32922209|gb|CF027021.1|CF027021
genomic: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTGgttggtaaaa ... ggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCA
EST: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG CTTACAGTCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTGCACCCCCAEST: gi|32923012|gb|CF027824.1|CF027824
genomic: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTGgttggtaaaa ... ggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCA
EST: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG CTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCAEST: gi|32842370|gb|CD982051.1|CD982051
genomic: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTGgttggtaaaa ... ggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCA
EST: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG CTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCTAEST: gi|32841992|gb|CD981673.1|CD981673
genomic: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTGgttggtaaaa ... ggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCA
EST: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG CTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCTAEST: gi|32841997|gb|CD981678.1|CD981678
genomic: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTGgttggtaaaa ... ggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCA
EST: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG CTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCTA
genomic: TGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTGgttggtaaaa ... ggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCA
gtcgataatgtttgttgtgtatggaaaaaaatcaacatatccctgggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCAGATGGGCTGTTGCCAATGGAGCTGGAGTTATATTAAGTGTCTGTGATGA
aaaaaaatcaacatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gacaaacccagccagaagtatctatattttgggatgtaggtagtagtcgataatgtttgttgtgtatggaaaaaaatcaacatatccctgggtgatttagCTTACAGCCGAGGATCTGGAAAGCACCCACAACTTATGCCTTCCACCCCCAGATGGGCTGTTGCCAATGGAGCTGGAGTTATATTAAGTGTCTGTGATGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - -ccagcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaaa