Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgacctctactcttttgttgtaggcatgtgtaatgtgttcttttacctgacttgagtataaataatctggatacataactatcttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCTTTTGTTGAGTTTGTCCAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G814159_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G814159_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os06g35030.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtatgtgacctctactcttttgttgtaggcatgtgtaatgtgttcttttacctgacttgagtataaataatctggatacataactatcttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCTTTTGTTGAGTTTGTCCAA
    ||   | | ||| |||| |  ||   || |||  | | |  ||  || ||  |  | |      || |||  |   |       ||   | |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
----gtatgcccaactattttatcttacagatatgttttttatggttaaacttggat--acttccctcaaactgtctgtgttttccctttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCGTTTGTTGAGTTTGTTCAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32911170|gb|CF015982.1|CF015982
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACCATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAA-CATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|78180693|gb|DV551066.1|DV551066
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|148929870|gb|EE285590.2|EE285590
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|6827601|gb|AW331244.1|AW331244
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|31363320|gb|CD447677.1|CD447677
EST:     TGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: TGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|12046152|gb|BF728291.1|BF728291
EST:     ACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCCCATGCATCGCT
genomic: ACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|67020345|gb|CO449094.1|CO449094
EST:     ATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|71772178|gb|DR970115.1|DR970115
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|110932361|gb|EE152587.1|EE152587
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTTTCGTTTGAGGCTACTTGGGGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|18164011|gb|BM333850.1|BM333850
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|32835281|gb|CD974959.1|CD974959
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|31909455|gb|CD650927.1|CD650927
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|211513327|gb|FL030343.1|FL030343
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTACGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|211122862|gb|FL458470.1|FL458470
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|6851486|gb|AW352496.1|AW352496
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|110190841|gb|EC872739.1|EC872739
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTTTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|33091830|gb|CF051824.1|CF051824
EST:     ATCGCAGAAGATGAGGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACCATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAA-CATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|76292409|gb|DV031977.1|DV031977
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|86467992|gb|DY234362.1|DY234362
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|211513328|gb|FL030344.1|FL030344
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|32911777|gb|CF016589.1|CF016589
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACCATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAA-CATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|32165016|gb|CD670334.1|CD670334
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|18173999|gb|BM349387.1|BM349387
EST:     TTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACT-CACATGCATCGCT
genomic: TTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|14243826|gb|BG841499.2|BG841499
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|86467993|gb|DY234363.1|DY234363
EST:     ATCGCAAAAGATGAAGTGAAGCATTTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGAGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|32937185|gb|CF042004.1|CF042004
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|32914736|gb|CF019548.1|CF019548
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|37395891|gb|CF635231.1|CF635231
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|67021641|gb|CO450390.1|CO450390
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|149099389|gb|EE185429.2|EE185429
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTTTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|31362976|gb|CD447333.1|CD447333
EST:     ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
EST: gi|16926655|gb|BM079723.1|BM079723
EST:     ATCGCAGAAGATAAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAA                         GTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT
genomic: ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 224

ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCTTTTGTTGAGTTTGTCCAA


Block sizes: 45 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 120

ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCTTTTGTTGAGTTTGTCCAA


Block sizes: 47 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 77

ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCTTTTGTTGAGTTTGTCCAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 233

ATCGCAGAAGATGAAGTGAAGCAATTCTTTGAGGGAACATGTGGTGAAgtatgtgacc ... ttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCTTTTGTTGAGTTTGTCCAA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttttacctgacttgagtataaataatctggatacataactatcttccctttagGTTTCTCGTCTGAGGCTACTTGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCTTTTGTTGAGTTTGTCCAA
                                  acataac  putative branch site (score: 233)
                                        ctatcttcccttt  CT-rich tract
             ttgagtataaataat  TA-rich tract