1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...taaaaacaaaattcattaccactccacatgaaatgaaaggcaatgaaatcagttgtttttcatacctgtacccttcacctcaaagttttcttccttgtagGTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCATTCAAAGCGTTCTAGGGTAGAAGATATTGACCAATATAGTGGAGAAGAAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G806309_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCAT GTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCATEST: gi|18963864|gb|BM660673.1|BM660673
genomic: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCATgtatggttcg ... ttccttgtagGTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCAT
EST: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCAT GTGAATTCAAAGCCACGGAGCCCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCATEST: gi|20301036|gb|BQ163979.1|BQ163979
genomic: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCATgtatggttcg ... ttccttgtagGTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCAT
EST: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCAT GTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCATEST: gi|67015187|gb|CO443936.1|CO443936
genomic: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCATgtatggttcg ... ttccttgtagGTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCAT
EST: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCAT GTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCATEST: gi|76286234|gb|DV025802.1|DV025802
genomic: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCATgtatggttcg ... ttccttgtagGTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCAT
EST: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTTTGGCATGCAT GTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCATEST: gi|18964396|gb|BM660982.1|BM660982
genomic: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCATgtatggttcg ... ttccttgtagGTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCAT
EST: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCAT GTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCATEST: gi|5804622|gb|AI979592.1|AI979592
genomic: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCATgtatggttcg ... ttccttgtagGTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCAT
EST: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCAT GTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCATEST: gi|18964395|gb|BM660981.1|BM660981
genomic: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCATgtatggttcg ... ttccttgtagGTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCAT
EST: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCAT GTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCATEST: gi|5714180|gb|AI944165.1|AI944165
genomic: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCATgtatggttcg ... ttccttgtagGTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCAT
EST: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCAT GTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCATEST: gi|67024300|gb|CO453049.1|CO453049
genomic: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCATgtatggttcg ... ttccttgtagGTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCAT
EST: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCAT GTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCATEST: gi|5152831|gb|AI759129.1|AI759129
genomic: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCATgtatggttcg ... ttccttgtagGTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCAT
EST: GAATCTTCTGGCATGCAT GTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCATEST: gi|71765227|gb|DR963164.1|DR963164
genomic: GAATCTTCTGGCATGCATgtatggttcg ... ttccttgtagGTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCAT
EST: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTTTGGCATGCAT GTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCAT
genomic: AAACAGGTCATGTTGGTACCATGGAGCGCGGAGAATCTTCTGGCATGCATgtatggttcg ... ttccttgtagGTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCAT
aaatcagttgtttttcatacctgtacccttcacctcaaagttttcttccttgtagGTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCATTCAAAGCGTTCTAGGGTAGAAGATATTGACCAATATAGTGGAGAAGAAT
ttttcttccttgt CT-rich tract
tttttcata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taaaaacaaaattcattaccactccacatgaaatgaaaggcaatgaaatcagttgtttttcatacctgtacccttcacctcaaagttttcttccttgtagGTGAATTCAAAGCCACGGAGACCTCATGTTGATGATGATCTTGATGAGCATTCAAAGCGTTCTAGGGTAGAAGATATTGACCAATATAGTGGAGAAGAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- -aaacaaa
- - - - - - - - - ccactcc
- - - - - - - - - - - - - catgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caatgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acctgta