Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctccttgatacttgttttcaaaaaattataacacattttttatatggatatgaatatgaatagttatgcctcaatctcattgcaacctttctgatactgaatacaccagCTATGCTTTGTCAGAAGCTGAAAGGTTTCAAGATTCTTATGAGATAATAGCATTGTTCAGAAAAGCTTATGAATCATTTCAGAGCCTAGGTGCTACAAGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G480620_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G480620_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g48380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtaagctccttgatactt-gttttcaaaaaattataacacattttttatatggatatgaatatgaatagttatgcctcaatctcattgcaacctttctgatactgaatacaccagCTATGCTTTGTCAGAAGCTGAAAGGTTTCAAGATTCTTATGAGATAATAGCATTGTTCAGAAAAGCTTATGAATCATTTCAGAGCCTAGGTGCTACAAGA
||||| || ||||  ||| |||      | ||  ||||  | ||||||||||  ||   ||||       | |||          ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||                        
gtaagttctttgacccttagttacttttagatgttaacgtaatttttatatgactacttatatctgacactgtgc----------ttgcagCCTTTCTGATACTGAGTATACCAGCTATGCTTTGTCAGAAGCTGAAAGGTTTCAAGATTCCTATGAGATAATTGCATTGTTCAGAAAAGCTTATGAATCA------------------------


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgaatagttatgcctcaatctcattgcaacctttctgatactgaatacaccagCTATGCTTTGTCAGAAGCTGAAAGGTTTCAAGATTCTTATGAGATAATAGCATTGTTCAGAAAAGCTTATGAATCATTTCAGAGCCTAGGTGCTACAAGA
                                  ttctgat  putative branch site (score: 3)
     atagttat  TA-rich tract