1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...gaagcatatctgaatctgtaggtatagaaattacgggcaacgttgtaaattgaacttgctggtcaacgtagtcgcagctcacaagcattttttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCTCGGAATTCAGAAATGTTCGAGAGCCGTTTCCTGAGGAAAACATTTACA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G474236_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCEST: gi|26558437|gb|CA830672.1|CA830672
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCEST: gi|87155597|gb|DY400386.1|DY400386
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCEST: gi|32863285|gb|CF002967.1|CF002967
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCEST: gi|76926868|gb|DV171024.1|DV171024
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCCCCTGGAATATACTTGATGCEST: gi|71766468|gb|DR964405.1|DR964405
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCEST: gi|76919531|gb|DV167764.1|DV167764
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCEST: gi|4630556|gb|AI621430.1|AI621430
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCEST: gi|83279043|gb|DV943051.1|DV943051
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCEST: gi|76291468|gb|DV031036.1|DV031036
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCEST: gi|32935691|gb|CF040503.1|CF040503
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGTEST: gi|18168893|gb|BM338733.1|BM338733
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCEST: gi|32936388|gb|CF041207.1|CF041207
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCEST: gi|113818454|gb|DW940080.1|DW940080
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: CAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCEST: gi|32837608|gb|CD977286.1|CD977286
genomic: CAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: TATGGTTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGEST: gi|22545635|gb|BU097994.1|BU097994
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGG
EST: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCEST: gi|71421571|gb|DR805500.1|DR805500
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: CATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCCCCTGGAATATACTTGATGCEST: gi|18168382|gb|BM338222.1|BM338222
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: AATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
genomic: -ATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
taaattgaacttgctggtcaacgtagtcgcagctcacaagcattttttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCTCGGAATTCAGAAATGTTCGAGAGCCGTTTCCTGAGGAAAACATTTACA
agctcac putative branch site (score: 107)
catttttt putative PPT
attttttatgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaagcatatctgaatctgtaggtatagaaattacgggcaacgttgtaaattgaacttgctggtcaacgtagtcgcagctcacaagcattttttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCTCGGAATTCAGAAATGTTCGAGAGCCGTTTCCTGAGGAAAACATTTACA
- - - - -ctgaatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcagctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acaagca