Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggttgcattcatataatgattaacctaatatttttgtacctcgatttgaccaaatcatgtatggtgtgattctaacctcttggggtcttggatcttatgtatcagCCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G472625_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G472625_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g10840.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gttggttgc-attcatataatgattaacctaatatttttgtacctcgatttgaccaaatcatg-tatggtgtgattctaacctcttggggtcttggatcttatgtatcagCCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
||| ||  | ||   | ||   |   | ||   |  ||       |   ||||  | || ||| | || ||| ||||| |     |    || |      ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||
gttagtcactatatctttatctaaggaactgcaacattcaggttcc---ttgattagattatgctgtgatgttattctgattatatt---tcataatgtgtatttgtcagCCACTGTTTCCTGGAGAGAGTGCTGTTGACCAGCTAGTAGAGATAATCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33095534|gb|CF055528.1|CF055528
EST:     TAGACATATGGTCAGCTGATTGAGTACTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAG                         CCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
genomic: TAGACATATGGTCAGCTGGCTGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAGgttggttgca ... tatgtatcagCCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
EST: gi|211080741|gb|FL326809.1|FL326809
EST:     TAGACATATGGTCAGCTGGCTGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAG                         CCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
genomic: TAGACATATGGTCAGCTGGCTGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAGgttggttgca ... tatgtatcagCCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
EST: gi|211442652|gb|FL343508.1|FL343508
EST:     TAGACATATGGTCAGCTGGTTGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAG                         CCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
genomic: TAGACATATGGTCAGCTGGCTGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAGgttggttgca ... tatgtatcagCCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
EST: gi|6587591|gb|AW244909.1|AW244909
EST:     TAGACATATGGTCAGCTGGTTGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAG                         CCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
genomic: TAGACATATGGTCAGCTGGCTGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAGgttggttgca ... tatgtatcagCCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
EST: gi|60351318|gb|DN218291.1|DN218291
EST:     ACATATGGTCAGCTGGCTGTGTTCTAGTTGAGTTGCTTCTTGGTCAG                         CCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
genomic: ACATATGGTCAGCTGGCTGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAGgttggttgca ... tatgtatcagCCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
EST: gi|211467509|gb|FL214418.1|FL214418
EST:     TAGACATATGGTCAGCTGGTTGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAG                         CCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
genomic: TAGACATATGGTCAGCTGGCTGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAGgttggttgca ... tatgtatcagCCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
EST: gi|22472815|gb|BU037295.1|BU037295
EST:     AGACATATGGTCAGCTGGTTGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTTCTTGGTCAG                         CCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
genomic: AGACATATGGTCAGCTGGCTGTGTTCTAGCTGAGTTGC-TTCTTGGTCAGgttggttgca ... tatgtatcagCCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
EST: gi|6696036|gb|AW289144.1|AW289144
EST:     TAGACATATGGTCAGCTGGTTGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAG                         CCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
genomic: TAGACATATGGTCAGCTGGCTGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAGgttggttgca ... tatgtatcagCCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
EST: gi|22819171|gb|BU499261.1|BU499261
EST:     TAGACATATGGTCAGCTGGTTGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAG                         CCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
genomic: TAGACATATGGTCAGCTGGCTGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAGgttggttgca ... tatgtatcagCCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
EST: gi|7145412|gb|AW506893.1|AW506893
EST:     TGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAG                         CCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
genomic: TGTGTTCTAGCTGAGTTGCTTCTTGGTCAGgttggttgca ... tatgtatcagCCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caaatcatgtatggtgtgattctaacctcttggggtcttggatcttatgtatcagCCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG
                   ttctaac  putative branch site (score: 1)
                                            ttatgtat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttggttgcattcatataatgattaacctaatatttttgtacctcgatttgaccaaatcatgtatggtgtgattctaacctcttggggtcttggatcttatgtatcagCCACTGTTTCCGGGAGAGAGTGCTGTTGATCAGTTGGTAGAGATTATCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT