Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttgcagtcttggccttgaaagtgcatagttgttggcctgttaaattattaatggtctttttatttgccatttttctaagctaacagtttctttttgcagCTTCTGCTTGGATTCCTATCTCACCCTTTATTGATGGGATTAGGAGGAATTCCTGCCACCAAGGACAACGGGATTTGCCATTTTGGCGCTGTCTGGACTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G468693_T03
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76293243|gb|DV032811.1|DV032811
EST:     AGGCATGTTCCTGAATAGAGAATGCAGTGCCTGTTATGATTGCCCCAGAT                         CTTCTGCTTGGATTCCTATCTCACCCTTTATTGATGGGATTAGGAGGAATT
genomic: AGGCATGTTCCTGAATAGAGAATGCAGTGCCTGTTATGATTGCCCCAGATgtaagttgcc ... ctttttgcagCTTCTGCTTGGATTCCTATCTCACCCTTTATTGATGGGATTAGGAGGAATT
EST: gi|16918546|gb|BM073795.1|BM073795
EST:     AGGCATGTTCCTGAATAGAGAATGCAGTGCCTGTTATGATTGCCCCAGAT                         CTTCTGCTTGGATTCCTATCTCACCCTTTATTGATGGGATTAGGAGGAATT
genomic: AGGCATGTTCCTGAATAGAGAATGCAGTGCCTGTTATGATTGCCCCAGATgtaagttgcc ... ctttttgcagCTTCTGCTTGGATTCCTATCTCACCCTTTATTGATGGGATTAGGAGGAATT
EST: gi|17931292|gb|BM268252.1|BM268252
EST:     AGGCATGTTCCTGAATAGAGAATGCAGTGCCTGTTATGATTGCCCCAGAT                         CTTCTGCTTGGATTCCTATCTCACCCTTTATTGATGGGATTAGGAGGAATT
genomic: AGGCATGTTCCTGAATAGAGAATGCAGTGCCTGTTATGATTGCCCCAGATgtaagttgcc ... ctttttgcagCTTCTGCTTGGATTCCTATCTCACCCTTTATTGATGGGATTAGGAGGAATT
EST: gi|60398070|gb|DN230886.1|DN230886
EST:     AGGCATGTTCCTGAATAGAGAATGCAGTGCCTGTTATGATTGCCCCAGAT                         CTTCTGCTTGGATTCCTATCTCACCCTTTATTGATGGGATTAGGAGGAATT
genomic: AGGCATGTTCCTGAATAGAGAATGCAGTGCCTGTTATGATTGCCCCAGATgtaagttgcc ... ctttttgcagCTTCTGCTTGGATTCCTATCTCACCCTTTATTGATGGGATTAGGAGGAATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttattaatggtctttttatttgccatttttctaagctaacagtttctttttgcagCTTCTGCTTGGATTCCTATCTCACCCTTTATTGATGGGATTAGGAGGAATTCCTGCCACCAAGGACAACGGGATTTGCCATTTTGGCGCTGTCTGGACTT
                                 agctaac  putative branch site (score: 2)
                                          tttctttttgc  putative PPT
          tctttttattt  TA-rich tract