Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagtcaatcgaatctgttaatataatacttctcgagtgggcaccatggtccttgatgatacagtgcttgttttgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G435373_T02
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G435373_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os05g23860.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
-----------------gtcagtcaatcgaatctgttaatata-----atacttctcgagtgggcac-catggtccttgatgatacagtgcttgttttgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAG
                 || |   ||     | |  || |  |     ||  || |    ||| ||   ||    |||  | || ||    || | ||   | |||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||
gttagtgaaattttaatgttaagtaaatacctgtcatactgcatgtgcatgtttttaagatggtcatatataacgctttcttattcaaatatt-tcttattccacagGGTTTTGCTCGTTTAAGTGCTGTTTATGGTGGCACTTACATGTTAAATAAGCCGGACTGCAAG

upper sequence: GRMZM2G435373_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os05g34540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtcagtcaatcgaatctgttaatataa-tacttctcgagtgg---gcac-catggtccttgatgatacagtgcttgttttgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAG
|| |||||||    | ||||||| ||| ||| | ||  || |   || |   || |    |||| |    ||      ||   | |||||||||||| ||  | ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||
gttagtcaatt---tgtgttaatttaaatacatgtcatgttgcatgcgcatgtgttttaagatggtcatctgtaatgcttattccacagGGTTTTGCTCGCCTAAGTGCTGTTTATGGTGGCACTTATATGTTAAATAAGCCAGACTGCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32846965|gb|CD986646.1|CD986646
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
EST: gi|6031345|gb|AW076202.1|AW076202
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGNTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|32938598|gb|CF043417.1|CF043417
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTA
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTA
EST: gi|67031426|gb|CO460175.1|CO460175
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|33094579|gb|CF054573.1|CF054573
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
EST: gi|32939909|gb|CF044728.1|CF044728
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTAC
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTAC
EST: gi|32856054|gb|CD995735.1|CD995735
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATTCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|32932660|gb|CF037472.1|CF037472
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGNCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|47962286|gb|CN844995.1|CN844995
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCCGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|211034436|gb|FL381555.1|FL381555
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|211445979|gb|FL406296.1|FL406296
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|211259815|gb|FL426651.1|FL426651
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|32932658|gb|CF037470.1|CF037470
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|211346475|gb|FL413228.1|FL413228
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|33104315|gb|CF064275.1|CF064275
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTGTGGACTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTAC
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTAC
EST: gi|32939179|gb|CF043998.1|CF043998
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTA
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttctcgagtgggcaccatggtccttgatgatacagtgcttgttttgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAG
                      ccttgat  putative branch site (score: 5)
                                      cttgtttt  putative PPT
                                       ttgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcagtcaatcgaatctgttaatataatacttctcgagtgggcaccatggtccttgatgatacagtgcttgttttgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG