1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...aaatgtggacaaccatttgttcagtcatcctgtgagacaggttaccattattatgaaggtttatgtttaatactctaaatgtattatttttgttttcaagAATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGATGGGAAAGATATGCTCCTCTTAGGAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G411333_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGG AATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGATEST: gi|6031461|gb|AW076363.1|AW076363
genomic: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGGgtaggataac ... tgttttcaagAATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGAT
EST: AGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGGATTACCTTTTCCAGAACGGG AATGATTTATACTGTATGGGGTTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGATEST: gi|91051044|gb|EB161462.1|EB161462
genomic: AGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATG-ATTACCTTTTCCAGAACAGGgtaggataac ... tgttttcaagAATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGAT
EST: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGG AATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGATEST: gi|5901323|gb|AW042423.1|AW042423
genomic: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGGgtaggataac ... tgttttcaagAATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGAT
EST: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACGGG AATGATTTATACTGTATGGGGTTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGATEST: gi|78022284|gb|DV490671.1|DV490671
genomic: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGGgtaggataac ... tgttttcaagAATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGAT
EST: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACGGG AATGATTTATACTGTATGGGGTTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGATEST: gi|71443427|gb|DR824477.1|DR824477
genomic: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGGgtaggataac ... tgttttcaagAATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGAT
EST: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGG AATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGATEST: gi|93283751|gb|EB676015.1|EB676015
genomic: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGGgtaggataac ... tgttttcaagAATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGAT
EST: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGG AATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGATEST: gi|149010273|gb|EE042100.2|EE042100
genomic: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGGgtaggataac ... tgttttcaagAATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGAT
EST: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGG AATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGATEST: gi|211364468|gb|FL432340.1|FL432340
genomic: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGGgtaggataac ... tgttttcaagAATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGAT
EST: CTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGG AATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGATEST: gi|50335616|gb|CO530742.1|CO530742
genomic: CTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGGgtaggataac ... tgttttcaagAATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGAT
EST: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGG AATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGAT
genomic: GAGACCTTACACTGAATGTTTACCCAGATGATTACCTTTTCCAGAACAGGgtaggataac ... tgttttcaagAATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGAT
cattattatgaaggtttatgtttaatactctaaatgtattatttttgttttcaagAATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGATGGGAAAGATATGCTCCTCTTAGGAG
ctctaaa putative branch site (score: 31)
ttatttttgttttc putative PPT
tttatgtttaatactc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaatgtggacaaccatttgttcagtcatcctgtgagacaggttaccattattatgaaggtttatgtttaatactctaaatgtattatttttgttttcaagAATGATTTATACTGTATGGGATTCCTGGATGGTGGTGTACAGACTAAAGATGGGAAAGATATGCTCCTCTTAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - acaacca
- - - - - - - - - - - - -catcctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttatgtt