Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttaacctgaaagttgtctggcatgttcctgctattaacatttcggtatattgatattacagttactatatatttacctggatttgtggattgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGCCACTTGCAATTCAACGACAAAGCAGACCGGATCCACAACGCCATCCTCC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G404855_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G404855_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g16900.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
--cttaacctgaaagttgtctggcatgttcctgctattaacatttcggtatattgatattacagttactatat--atttacctggatttgtggattgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGCCACTTGCAATTCAACGACAAAGCAGACCGGATCCACAACGCCATCCTCC
  ||   ||  | ||  | |   |||        ||| ||  |       |  | |    |  ||| ||| |    |||| ||| || | |   || |    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||
agctgtgccaaacag--gccctacataggaaaattatcaatgtgaattactgatcagccaattgttcctacaacactttaactgaatgtttt--ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCCACTTGCAATTCAATAACCAAGCAGACCGGATCCACAACGCCATCCTCC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16379454|gb|BI992954.1|BI992954
EST:     TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagatctt ... ttgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
EST: gi|14204192|gb|BG837869.1|BG837869
EST:     TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagatctt ... ttgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
EST: gi|60355306|gb|DN222279.1|DN222279
EST:     TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagatctt ... ttgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
EST: gi|60354405|gb|DN221378.1|DN221378
EST:     TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagatctt ... ttgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
EST: gi|148958341|gb|EC904565.2|EC904565
EST:     TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTTTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCGAACCCGACTGCTTTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagatctt ... ttgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
EST: gi|60350137|gb|DN217110.1|DN217110
EST:     TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagatctt ... ttgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
EST: gi|89248280|gb|DY620066.1|DY620066
EST:     TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagatctt ... ttgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
EST: gi|149082359|gb|EE171544.2|EE171544
EST:     TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagatctt ... ttgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
EST: gi|211460294|gb|FL454166.1|FL454166
EST:     TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagatctt ... ttgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
EST: gi|33102686|gb|CF062646.1|CF062646
EST:     TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagatctt ... ttgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
EST: gi|13490429|gb|BG517193.1|BG517193
EST:     TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagatctt ... ttgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
EST: gi|71310901|gb|DR791753.1|DR791753
EST:     TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagatctt ... ttgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
EST: gi|76908322|gb|DV162882.1|DV162882
EST:     TTTGTTTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTTTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGTTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTAGCAGAAGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagatctt ... ttgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
EST: gi|86467248|gb|DY233618.1|DY233618
EST:     AGCTGTTCATGGTTTTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC
genomic: AGCTGTTCATGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagatctt ... ttgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatattgatattacagttactatatatttacctggatttgtggattgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGCCACTTGCAATTCAACGACAAAGCAGACCGGATCCACAACGCCATCCTCC
   tattgat  putative branch site (score: 3)
                                             ttgttttt  putative PPT
        atattacagttactat  TA-rich tract