Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgctgcagtgagattgtatggagggaagaaagagctgagtgtaatatatctaggttctttgttcaacttgggtgatattgaccactttttccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGCAGATCGTATTGATGGACATATGAAACCAGCAGGACCCTATTTGCACAGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G180990_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G180990_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g21180.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
tgctgcagtgagattgtatggagggaagaaagagctgagtgtaatatatctaggttctttg--ttcaacttgggtgatattgac-cac---tttttccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGCAGATCGTATTGATGGACATATGAAACCAGCAGGACCCTATTTGCACAGC----
  ||| |  |  |||||          |||| | ||     || ||  | | | || | |   || | ||| | ||||  |||| |||   | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| | || ||||   ||||| |||| ||    | ||||||     | ||||   | | |      |||     || |    
-tctg-aacgtcattgtgctagtactcgaaa-atctat---tagtaagttttgtttttctaatttaagctttgatgatgatgacgcacaaatgtttcctttgacagATGGAACGGCTCGAATAAGTAAAATCCACT-AGGGAAGCATAATTTGCTGCG--CCATATTGAAATGTA-ATGAGGGCTGGAATTATGTATCAATGCATCTTGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71432616|gb|DR813666.1|DR813666
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|40336035|gb|CK370105.1|CK370105
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|32867978|gb|CF007660.1|CF007660
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|32930812|gb|CF035624.1|CF035624
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|33094727|gb|CF054721.1|CF054721
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACCTTGCGG
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAAC-TTGCGG
EST: gi|32831739|gb|CD971417.1|CD971417
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGGGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|113701024|gb|EE678528.1|EE678528
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|31361525|gb|CD445882.1|CD445882
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|33103884|gb|CF063844.1|CF063844
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACCTTGCGG
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAAC-TTGCGG
EST: gi|211400123|gb|FL477429.1|FL477429
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|19437099|gb|BM953509.1|BM953509
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|67011554|gb|CO440303.1|CO440303
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|78104076|gb|DV522494.1|DV522494
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|60337104|gb|DN204077.1|DN204077
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTC
EST: gi|60344361|gb|DN211334.1|DN211334
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|31352656|gb|CD437013.1|CD437013
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|32837141|gb|CD976819.1|CD976819
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|87152577|gb|DY397366.1|DY397366
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|211484308|gb|FL024487.1|FL024487
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|31611965|gb|CD568587.1|CD568587
EST:     AGGAATTGGTGTTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AGGAATTGGTG-TTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|78109763|gb|DV528179.1|DV528179
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|31351483|gb|CD435840.1|CD435840
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|6601643|gb|AW256039.1|AW256039
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|32867979|gb|CF007661.1|CF007661
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|33095243|gb|CF055237.1|CF055237
EST:     AAGGAATTGGTGTCGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACCTTGCGG
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAAC-TTGCGG
EST: gi|37390121|gb|CF632287.1|CF632287
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|37378150|gb|CF625740.1|CF625740
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|24934238|gb|CA452456.1|CA452456
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|211487182|gb|FL024494.1|FL024494
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|33102131|gb|CF062091.1|CF062091
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|33093064|gb|CF053058.1|CF053058
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACCTTGCGG
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAAC-TTGCGG
EST: gi|32931994|gb|CF036806.1|CF036806
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACCTTGCGG
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAAC-TTGCGG
EST: gi|32933442|gb|CF038254.1|CF038254
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|31351985|gb|CD436342.1|CD436342
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|22490969|gb|BU050892.1|BU050892
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|76285927|gb|DV025495.1|DV025495
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|37378790|gb|CF626105.1|CF626105
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|19436981|gb|BM953391.1|BM953391
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|40334722|gb|CK368792.1|CK368792
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|33102197|gb|CF062157.1|CF062157
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|78074026|gb|DV502460.1|DV502460
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|60341910|gb|DN208883.1|DN208883
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|71432615|gb|DR813665.1|DR813665
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTTTTTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
EST: gi|31362272|gb|CD446629.1|CD446629
EST:     AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAG                         ATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC
genomic: AAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 238

AAGGACCATCAACAAAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGCAGATCGTATTGATGGACATATGAAACCAGCAGGACCCTATTTGCACAGC


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 259

AAGGACCATCAACAAAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGCAGATCGTATTGATGGACATATGAAACCAGCAGGACCCTATTTGCACAGC


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 134

AAGGACCATCAACAAAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGCAGATCGTATTGATGGACATATGAAACCAGCAGGACCCTATTTGCACAGC


Block sizes: 41 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 201

AAGGACCATCAACAAAGGAATTGGTGTTGACAATATGCACTATCTAAATGATGGCCTATGGAAGgtactcctac ... ccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGCAGATCGTATTGATGGACATATGAAACCAGCAGGACCCTATTTGCACAGC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatctaggttctttgttcaacttgggtgatattgaccactttttccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGCAGATCGTATTGATGGACATATGAAACCAGCAGGACCCTATTTGCACAGC
                              tattgac  putative branch site (score: 201)
                                    ccactttttcctt  CT-rich tract
                           tgatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgctgcagtgagattgtatggagggaagaaagagctgagtgtaatatatctaggttctttgttcaacttgggtgatattgaccactttttccttggacagATGGAACGGCTCGAATGAGTAGAATTCTCTGAGGGGTTCATAACTTGCGGCAGATCGTATTGATGGACATATGAAACCAGCAGGACCCTATTTGCACAGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
-gctgcag
- - - - - - - tgtatgg
- - - - - - - - - - - - gaagaaa