1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtacgtacaattttattatacccttaaactgtggtacggcgcaacacactttgcactgaacttctcatccagcttgttgaaaagtttgccatcttttttttttacttgaaattttccggtggtacctgtgtttctaaacaaaccacatgatattgttgatttgatgccatttccctttgcagGCTCGACCATGTGCCTGAATTCAAGTACCAACCGGACCCGATACTGTCGTGATACATACATGTGGACTGAAGCTGGAACTCTGTACATATATATAGCTGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G178236_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGGGCATTCCCATGCAGCTCGGTACCGGTATTCTCAAAGTCAGGCAAAG GCTCGACCATGTGCCTGAATTCAAGTACCAACCGGACCCGATACTGTCGTGEST: gi|166696301|gb|EG294729.1|EG294729
genomic: ATGGGCATTCCCATGCAGCTCGGTACCGGTATTCTCAAAGTCAGGCAAAGgtacgtacaa ... ccctttgcagGCTCGACCATGTGCCTGAATTCAAGTACCAACCGGACCCGATACTGTCGTG
EST: ATGGGCATTCCCATGCAGCTCGGTACCGGTATTCTCAAAGTCAGGCAAAG GCTCGACCATGTGCCTGAATTCAAGTACC
genomic: ATGGGCATTCCCATGCAGCTCGGTACCGGTATTCTCAAAGTCAGGCAAAGgtacgtacaa ... ccctttgcagGCTCGACCATGTGCCTGAATTCAAGTACC
gtgtttctaaacaaaccacatgatattgttgatttgatgccatttccctttgcagGCTCGACCATGTGCCTGAATTCAAGTACCAACCGGACCCGATACTGTCGTGATACATACATGTGGACTGAAGCTGGAACTCTGTACATATATATAGCTGG
tgccatttcccttt CT-rich tract
taaacaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacgtacaattttattatacccttaaactgtggtacggcgcaacacactttgcactgaacttctcatccagcttgttgaaaagtttgccatcttttttttttacttgaaattttccggtggtacctgtgtttctaaacaaaccacatgatattgttgatttgatgccatttccctttgcagGCTCGACCATGTGCCTGAATTCAAGTACCAACCGGACCCGATACTGTCGTGATACATACATGTGGACTGAAGCTGGAACTCTGTACATATATATAGCTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA