1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
gtgaattattaacagctcatttagctagaataaatgcaacatttcaattcagctgtatttattcccttgtttttctcatctcaatatgaacaatggcttacttgaatgatcacagTCCGATCTGGTACCTGTTGGTGAAGATCAAACACAACATTTAGAATTAACTCGTGAAATAGCTGAGCGTGTAAATAATCTTTATGGTGGAAGAAAGTGGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G177970_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACTTTTGACTTATCCTGTTCTAATGGCTTCTGACATTCTTTTGTACCAG TCCGATCTGGTACCTGTTGGTGAAGATCAAACACAACATTTAGAATTAACTEST: gi|50331394|gb|CO526520.1|CO526520
genomic: CACTTTTGACTTATCCTGTTCTAATGGCTTCTGACATTCTTTTGTACCAGgtgaattatt ... atgatcacagTCCGATCTGGTACCTGTTGGTGAAGATCAAACACAACATTTAGAATTAACT
EST: CACTTTTGACTTATCCTGTTCTAATGGCTTCTGACATTCTTTTGTACCAG TCCGATCTGGTACCTGTTGGTGAAGATCAAACACAACATTTAGAATTAACTEST: gi|71449703|gb|DR830753.1|DR830753
genomic: CACTTTTGACTTATCCTGTTCTAATGGCTTCTGACATTCTTTTGTACCAGgtgaattatt ... atgatcacagTCCGATCTGGTACCTGTTGGTGAAGATCAAACACAACATTTAGAATTAACT
EST: ACTTTTTGACTTATCCTGTTCTAATGGCTTCTGACATTCTTTTGTACCAG TCCGATCTGGTACCTGTTGGTGAAGATCAAACACAACATTTAGAATTAACTEST: gi|78120428|gb|DV538812.1|DV538812
genomic: AC-TTTTGACTTATCCTGTTCTAATGGCTTCTGACATTCTTTTGTACCAGgtgaattatt ... atgatcacagTCCGATCTGGTACCTGTTGGTGAAGATCAAACACAACATTTAGAATTAACT
EST: CACTTTTGACTTATCCTGTTCTAATGGCTTCTGACATTCTTTTGTACCAG TCCGATCTGGTACCTGTTGGTGAAGATCAAACACAACATTTAGAATTAACTEST: gi|71449704|gb|DR830754.1|DR830754
genomic: CACTTTTGACTTATCCTGTTCTAATGGCTTCTGACATTCTTTTGTACCAGgtgaattatt ... atgatcacagTCCGATCTGGTACCTGTTGGTGAAGATCAAACACAACATTTAGAATTAACT
EST: CACTTTTGACTTATCCTGTTCTAATGGCTTCTGACATTCTTTTGTACCAG TCCGATCTGGTACCTGTTGGTGAAGATCAAACACAACATTTAGAATTAACT
genomic: CACTTTTGACTTATCCTGTTCTAATGGCTTCTGACATTCTTTTGTACCAGgtgaattatt ... atgatcacagTCCGATCTGGTACCTGTTGGTGAAGATCAAACACAACATTTAGAATTAACT
attcccttgtttttctcatctcaatatgaacaatggcttacttgaatgatcacagTCCGATCTGGTACCTGTTGGTGAAGATCAAACACAACATTTAGAATTAACTCGTGAAATAGCTGAGCGTGTAAATAATCTTTATGGTGGAAGAAAGTGGA
ggcttac putative branch site (score: 3)
ttgttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgaattattaacagctcatttagctagaataaatgcaacatttcaattcagctgtatttattcccttgtttttctcatctcaatatgaacaatggcttacttgaatgatcacagTCCGATCTGGTACCTGTTGGTGAAGATCAAACACAACATTTAGAATTAACTCGTGAAATAGCTGAGCGTGTAAATAATCTTTATGGTGGAAGAAAGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA