1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtaagtttgcagtgaaatatatttttcctggatccgggcacttcaccaatggcacatttgtgctttagccctttcctcttgcgtgcactatgtgttaaaaaattatactgatgtcaccgaatttaccattaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGATCTTATTGCT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G175510_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATC GCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTGEST: gi|211175329|gb|FL101110.1|FL101110
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATCgtaagtttgc ... attaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCCAT-GGTACAAA-TTCACTEST: gi|211175332|gb|FL101113.1|FL101113
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATCgtaagtttgc ... attaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCC-ATTGGTACAAAATTCACT
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCTGTTGATGTGAATGATC GCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTGEST: gi|211175327|gb|FL101108.1|FL101108
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATCgtaagtttgc ... attaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTEST: gi|71332448|gb|DR803183.1|DR803183
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATCgtaagtttgc ... attaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGT
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATC GCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTGEST: gi|31360791|gb|CD445148.1|CD445148
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATCgtaagtttgc ... attaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTG
EST: CAAAATTGCAATGCCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTGEST: gi|31354620|gb|CD438977.1|CD438977
genomic: CAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATCgtaagtttgc ... attaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTGEST: gi|211175325|gb|FL101106.1|FL101106
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATCgtaagtttgc ... attaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTEST: gi|211175333|gb|FL101114.1|FL101114
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATCgtaagtttgc ... attaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGT
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACNAAATTGCAATGCCTGTTGATGTGAATGATC GCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAA-TTCACTGEST: gi|71428865|gb|DR809915.1|DR809915
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATCgtaagtttgc ... attaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATC GCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTGEST: gi|94478012|gb|EB706970.1|EB706970
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATCgtaagtttgc ... attaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATC GCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTGEST: gi|71448421|gb|DR829471.1|DR829471
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATCgtaagtttgc ... attaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATC GCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTGEST: gi|211175328|gb|FL101109.1|FL101109
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATCgtaagtttgc ... attaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCTGTTGATGTGAATGATC GCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCAEST: gi|30306946|gb|CD001619.1|CD001619
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATCgtaagtttgc ... attaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCA
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATC GCGGGGCAATGCTEST: gi|74244741|gb|DT652655.1|DT652655
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATCgtaagtttgc ... attaatgcagGCGGGGCAATGCT
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATC GCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTG
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGCCGGTTGATGTGAATGATCgtaagtttgc ... attaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTG
gtgcactatgtgttaaaaaattatactgatgtcaccgaatttaccattaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGATCTTATTGCT
tatgtgttaaaaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtttgcagtgaaatatatttttcctggatccgggcacttcaccaatggcacatttgtgctttagccctttcctcttgcgtgcactatgtgttaaaaaattatactgatgtcaccgaatttaccattaatgcagGCGGGGCAATGCTAGGCCTCGTGAAGAGCTCCATTGGTACAAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGATCTTATTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT