Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttgaatggcttccttaagtgcacacttttgttctacctagaacctgagttgcttttaagaatgcaacacaatcactattttctgttataaacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G174696_T02
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G174696_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os03g20750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
cttgaatggcttccttaagtgcacacttttgttctacctaga---acctgagttgcttttaagaatgcaacacaatcactatttt-ctgtt-ataaacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG
    | ||    |  | |   ||  || ||||| |    | |   |  |||| | | ||  ||  || ||    | ||  ||||| ||||| |    |||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||
----attgttaacaattaacacaacctcttgttttgtacaaagagaattgagctacctt-gagggtgtaaactgagcaagatttttctgtttactgccattgcagGTGGGTACTCTACAGGTTGCCAGTACTGGTATAGTTGCCTTGAGCTATGTCCAGAAAGTTTCCGAGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31353843|gb|CD438200.1|CD438200
EST:     AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTACAACACAGACAAAATG                         GTGGGCACTCTACAGGTCGC
genomic: AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATGgtatggagct ... aacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGC
EST: gi|37398312|gb|CF636468.1|CF636468
EST:     AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTACAACACAGACAAAATG                         GTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
genomic: AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATGgtatggagct ... aacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
EST: gi|71428447|gb|DR809497.1|DR809497
EST:     AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATG                         GTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
genomic: AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATGgtatggagct ... aacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
EST: gi|76294141|gb|DV033709.1|DV033709
EST:     AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATG                         GTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCCTTAAGTTATGT
genomic: AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATGgtatggagct ... aacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCC-TTAAGTTATGT
EST: gi|6095402|gb|AW120069.1|AW120069
EST:     AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTACAACACAGACAAAATG                         GTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
genomic: AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATGgtatggagct ... aacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
EST: gi|6095403|gb|AW120070.1|AW120070
EST:     AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTACAACACAGACAAAATG                         GTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
genomic: AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATGgtatggagct ... aacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
EST: gi|211352868|gb|FL030242.1|FL030242
EST:     AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTACAACACAGACAAAATG                         GTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
genomic: AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATGgtatggagct ... aacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
EST: gi|71428446|gb|DR809496.1|DR809496
EST:     AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATG                         GTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
genomic: AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATGgtatggagct ... aacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
EST: gi|89762284|gb|DY689955.1|DY689955
EST:     AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATACCACAGACAAAATG                         GTGGGGACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGGTGCCTTTAAGTTATGT
genomic: AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATGgtatggagct ... aacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTT-AAGTTATGT
EST: gi|6095404|gb|AW120071.1|AW120071
EST:     AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTACAACACAGACAAAATG                         GTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
genomic: AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATGgtatggagct ... aacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
EST: gi|60355450|gb|DN222423.1|DN222423
EST:     CTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATG                         GTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
genomic: CTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATGgtatggagct ... aacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
EST: gi|32919688|gb|CF024500.1|CF024500
EST:     AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTACAACACAGACAAAATG                         GTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC
genomic: AAAGGAAGTCTGGAATTGGTTTTGCCTCTCGCTATAACACAGACAAAATGgtatggagct ... aacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgagttgcttttaagaatgcaacacaatcactattttctgttataaacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG
                               tattttctgttataaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cttgaatggcttccttaagtgcacacttttgttctacctagaacctgagttgcttttaagaatgcaacacaatcactattttctgttataaacatttcagGTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG

-ttgaatg
- - - - - - - - - gtgcaca
- - - - - - - - - - - - - ttttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaacctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acacaat