Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aacatcatgtagtcttatgttatcttgaaaccttgtgctgatccttttgagttttggtaatagtagcgttagttataataatgtgggtatccttgtatagGTTATTCCTGATGTTGCAGCGTTTCCCTGTTGAGTCAAAAGGCCGCCGGAAAAAATTGAATGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G171469_T02
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78108686|gb|DV527104.1|DV527104
EST:     CTACATCCTTGTTCGCTGCCTTTGGTTTCCTTCTCTATGGAGGGAG                         GTTATTCCTGATGTTGCAGCGGTTTCC-TGTTGAGTCAAAAGGCCGCCGGA
genomic: CTACATCCTTGTTCGCTGCCTTTGGTTTCCTTCTCTATGGAGGGAGgtaatgactt ... ccttgtatagGTTATTCCTGATGTTGCAGCG-TTTCCCTGTTGAGTCAAAAGGCCGCCGGA
EST: gi|149017006|gb|EE045660.2|EE045660
EST:     CTACATCCTTGTTCGCTGCCTTTGGTTTCCTTCTCTATGGAGGGAG                         GTTATTCCTGATGTTGCAGCGTTTCCCTGTTGAGTCAAAAGGCCGCCGGAA
genomic: CTACATCCTTGTTCGCTGCCTTTGGTTTCCTTCTCTATGGAGGGAGgtaatgactt ... ccttgtatagGTTATTCCTGATGTTGCAGCGTTTCCCTGTTGAGTCAAAAGGCCGCCGGAA
EST: gi|91873273|gb|EB403230.1|EB403230
EST:     CTACATCCCTTGT-CGCTGCCTTTGGTTTCCTTCTCTATGGAGGGAG                         GTTATTCCTGATGTTGCAGCGTTTCCCTGTTGAGTCAAAAGGCCGCCGGAA
genomic: CTACATCC-TTGTTCGCTGCCTTTGGTTTCCTTCTCTATGGAGGGAGgtaatgactt ... ccttgtatagGTTATTCCTGATGTTGCAGCGTTTCCCTGTTGAGTCAAAAGGCCGCCGGAA
EST: gi|71322323|gb|DR797838.1|DR797838
EST:     CTACATCCTTGTTCGCTGCCTTTGGTTTCCTTCTCTATGGAGGGGAG                         -TTATTCCTGATGTTGCAGCGTTTCCCTGTTGAGTCAAAAGGC
genomic: CTACATCCTTGTTCGCTGCCTTTGGTTTCCTTCTCTATGGAGGG-AGgtaatgactt ... ccttgtatagGTTATTCCTGATGTTGCAGCGTTTCCCTGTTGAGTCAAAAGGC
EST: gi|76018861|gb|DT946031.1|DT946031
EST:     CTACATCCTTGTTCGCTGCCTTTGGTTTCCTTCTCTATGGAGGGAG                         GGTATTTCCTGATGTTGCAGCGTTTCCCTGTTGA
genomic: CTACATCCTTGTTCGCTGCCTTTGGTTTCCTTCTCTATGGAGGGAGgtaatgactt ... ccttgtatagGTTATT-CCTGATGTTGCAGCGTTTCCCTGTTGA
EST: gi|5895618|gb|AW036864.1|AW036864
EST:     CTACATCCTTGTTCGCTGCCTTTGGTTTCCTTCTCTATGGAGGGAG                         GTTATTCCTGATGTTGCAGCGTTTCCCTGTTGAGTCAAAAGGCCGCCGGAA
genomic: CTACATCCTTGTTCGCTGCCTTTGGTTTCCTTCTCTATGGAGGGAGgtaatgactt ... ccttgtatagGTTATTCCTGATGTTGCAGCGTTTCCCTGTTGAGTCAAAAGGCCGCCGGAA
EST: gi|71770532|gb|DR968469.1|DR968469
EST:     CTACATCCTTGTTCGCTGCCTTTGGTTTCCTTCTCTATGGAGGGAG                         GTTATTCCTGATGTTGCAGCGTTTCCCTGTTGAGTCAAAAGGCCGCCGG
genomic: CTACATCCTTGTTCGCTGCCTTTGGTTTCCTTCTCTATGGAGGGAGgtaatgactt ... ccttgtatagGTTATTCCTGATGTTGCAGCGTTTCCCTGTTGAGTCAAAAGGCCGCCGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgagttttggtaatagtagcgttagttataataatgtgggtatccttgtatagGTTATTCCTGATGTTGCAGCGTTTCCCTGTTGAGTCAAAAGGCCGCCGGAAAAAATTGAATGAG
                                          tatcctt  CT-rich tract
                       ttagttataataatgt  TA-rich tract