Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgaatctgttttgatttaatattttttttgtatctgtgttctttgaattagctctaaaatctttctgccatatagGCTCTTGAGAGCTTTATGCTCAGGTGCCCAAGGGATATATCCCCATATTGTGAGGGCATCTTGAATCTTGCTTTGGAATATGTGAGCTATGATCCTAATT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G168629_T05
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G168629_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g07120.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtgtgaatctgttttgatttaatattttttttgtatctgtgttct-ttgaattagctcta-aaatctttctgccatatagGCTCTTGAGAGCTTTATGCTCAGGTGCCCAAGGGATATATCCCCATATTGTGAGGGCATCTTGAATCTTGCTTTGGAATATGTGAGCTATGATCCTAATT
|||   |  | | ||  ||  |   ||   |   |   ||||||| ||| || |   ||     | ||||    || ||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||
gtgaacaattttcttctttccaatgttacatgaaacgagtgttctcttgtatgactcctgtgggtttttccataatgtagGCCCTCGAGAGTTTTATGCTGAGGTGTCCAAGAGATATATCTCCATATTGTGAGGGTATTTTAAATCTTGCATTGGAATATATAAGCTATGATCCAAATT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttttttgtatctgtgttctttgaattagctctaaaatctttctgccatatagGCTCTTGAGAGCTTTATGCTCAGGTGCCCAAGGGATATATCCCCATATTGTGAGGGCATCTTGAATCTTGCTTTGGAATATGTGAGCTATGATCCTAATT
                               ctctaaa  putative branch site (score: 3)
                                       tctttctgcc  CT-rich tract
                                  taaaatcttt  TA-rich tract