Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aatacacaaaacaatagtctaacaatattgctattacattcccatttcttttatgaacctcattctctaatattcccatactctgattgtttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G165926_T02
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G165926_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os03g13970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
-------aatacacaaaacaatagtctaacaatattgctattacattcccatttcttttatgaacctcattctctaatattcccatactctgattgtttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG
       ||     |||  || ||   | ||        |  |||||   |  | ||  |||  | |   |||   || ||     | | |||||   | |  |||||||||||||||||||||||||| |||  |  ||| ||| |  |||||||||| |||||||||||||||||| | |||||  |||| |||||||| || 
acaagctaacttgtaaagaaa-agctcagcatgcaaagaaacacatttagacat-ttccatgctctttggtct--gatgtttaaccaatttgatt---tctgcgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGACGCAGGCGGGTCTAGTCAGTCTGATATGAGCAAGGTGTTTGAAGACAGATCATTTGTTACATCCATCCTTAACTCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37380959|gb|CF627330.1|CF627330
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|18162870|gb|BM332709.1|BM332709
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|5525732|gb|AI861625.1|AI861625
EST:     TGACTCTGCTATGACAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|71419000|gb|DR804613.1|DR804613
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|37398277|gb|CF636450.1|CF636450
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60337128|gb|DN204101.1|DN204101
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60353359|gb|DN220332.1|DN220332
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60347266|gb|DN214239.1|DN214239
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|37383110|gb|CF628537.1|CF628537
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|31664308|gb|CD573033.1|CD573033
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|261490449|gb|GO359940.1|GO359940
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60349443|gb|DN216416.1|DN216416
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60346958|gb|DN213931.1|DN213931
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|18174967|gb|BM350355.1|BM350355
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|32795234|gb|CD947470.1|CD947470
EST:     TGAATCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCGGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|67025094|gb|CO453843.1|CO453843
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGNTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAA-TGTCTGTCC
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCC
EST: gi|211072583|gb|FL217264.1|FL217264
EST:     GACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: GACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60357544|gb|DN224517.1|DN224517
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|32826026|gb|CD965704.1|CD965704
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCGGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|211442872|gb|FL468446.1|FL468446
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60354620|gb|DN221593.1|DN221593
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|5847367|gb|AW000446.1|AW000446
EST:     TGACTCTGCTATGACAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|5706125|gb|AI941901.1|AI941901
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|44901350|gb|CK827895.1|CK827895
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60399456|gb|DN232268.1|DN232268
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|38502551|gb|CF972411.1|CF972411
EST:     CGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|32930239|gb|CF035051.1|CF035051
EST:     GACTCTGCTATGGCCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCGGTGACACTGATATGA
genomic: GACTCTGCTATGG-CAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 308

GCACTTGCAATGTCAATGGAGGGTGGTGCTTCAGGATCTGCAGCTGTGACTGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 346

GCACTTGCAATGTCAATGGAGGGTGGTGCTTCAGGATCTGCAGCTGTGACTGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 229

GCACTTGCAATGTCAATGGAGGGTGGTGCTTCAGGATCTGCAGCTGTGACTGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 510

GCACTTGCAATGTCAATGGAGGGTGGTGCTTCAGGATCTGCAGCTGTGACTGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcttttatgaacctcattctctaatattcccatactctgattgtttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG
                                        attgtttatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aatacacaaaacaatagtctaacaatattgctattacattcccatttcttttatgaacctcattctctaatattcccatactctgattgtttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - -aaaacaa
- - - - -aacaata
- - - - - - - - - - - - - - tgctatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cattctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgattg