Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtccttaagtaattgtttttgtgcactaaggttggtgaaattaaaattttcatgcatcttataatgctttaccattttagGCAGGACATGATTTTCCTATTGTGTTTTATCTTGCTGTGGGTGGCTCCTTACTTTCTTACATATATTCAGCACCACCTCTCAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G162672_T02
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G162672_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os05g28200.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtaagtccttaagtaattgtttttgtgcacta--aggttggtgaaattaaaattttcatgcatcttataa---tgctttac--catttt--agGCAGGACATGATTTTCCTATTGTGTTTTATCTTGCTGTGGGTGGCTCCTTACTTTCTTACATATATTCAGCACCACCTCTCAAG
|||||||   |  ||| || | |||   | ||  ||||||   ||   ||   | |  |   | || | |   |  ||| |  ||||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||
gtaagtctccagctaactgatcttgaatattagcaggttgaaaaagaaaacgctcttctttgttttcttaattttttttgctacattttgcagGCAGGACATGATTTTCCTATTATTTTTTATCTTGCTGTTGGTGGGTCCTTGCTTTCTTACATATATTCAGCTCCACCTCTGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149038823|gb|EE155536.2|EE155536
EST:     GGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCTTTGTTAGATGTGTGG                         GCAGGACATGATTTTCCTATTGTGTTTTATCTTGCTGTGGGTGGCTCCTTA
genomic: GGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCTTTGTTAGATGTGTGGgtaagtcctt ... accattttagGCAGGACATGATTTTCCTATTGTGTTTTATCTTGCTGTGGGTGGCTCCTTA
EST: gi|211379068|gb|FL028409.1|FL028409
EST:     GGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCTTTGTTAGATGTGTGG                         GCAGGACATGATTTTCCTATTGTGTTTTATCTTGCTGTGGGTGGCTCCTTA
genomic: GGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCTTTGTTAGATGTGTGGgtaagtcctt ... accattttagGCAGGACATGATTTTCCTATTGTGTTTTATCTTGCTGTGGGTGGCTCCTTA
EST: gi|61119511|gb|DN560472.1|DN560472
EST:     GGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCTTTGTTAGATGTGTGG                         GCAGGACATGATTTTCCTATTGTGTTTTATCTTGCTGTGGGTGGCTCCTTA
genomic: GGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCTTTGTTAGATGTGTGGgtaagtcctt ... accattttagGCAGGACATGATTTTCCTATTGTGTTTTATCTTGCTGTGGGTGGCTCCTTA
EST: gi|78120047|gb|DV538431.1|DV538431
EST:     GGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCTTTGTTAGATGTGTGG                         GCAGGACATGATTTTCCTATTGTGTTTTATCTTGCTGTGGGTGGCTCCTTA
genomic: GGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCTTTGTTAGATGTGTGGgtaagtcctt ... accattttagGCAGGACATGATTTTCCTATTGTGTTTTATCTTGCTGTGGGTGGCTCCTTA
EST: gi|211379069|gb|FL028410.1|FL028410
EST:     GGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCTTTGTTAGATGTGTGG                         GCAGGACATGATTTTCCTATTGTGTTTTATCTTGCTGTGGGTGGCTCCTTA
genomic: GGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCTTTGTTAGATGTGTGGgtaagtcctt ... accattttagGCAGGACATGATTTTCCTATTGTGTTTTATCTTGCTGTGGGTGGCTCCTTA
EST: gi|149080582|gb|EE169625.2|EE169625
EST:     GGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCTTTGTTAGATGTGTGG                         GCAGGACATGATTTTCCTATTGTGTTTTATCTTGCTGTGGGTGGCTCCTTA
genomic: GGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCTTTGTTAGATGTGTGGgtaagtcctt ... accattttagGCAGGACATGATTTTCCTATTGTGTTTTATCTTGCTGTGGGTGGCTCCTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctaaggttggtgaaattaaaattttcatgcatcttataatgctttaccattttagGCAGGACATGATTTTCCTATTGTGTTTTATCTTGCTGTGGGTGGCTCCTTACTTTCTTACATATATTCAGCACCACCTCTCAAG
                                         ctttacc  CT-rich tract
            aaattaaaattttcat  TA-rich tract