Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatctctaaattgcgatgcggtaaattataaatgcatgctattaatgttagtgatgactttctgcttgtttttttctttggttgtacccagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGTATGTAGATTGCTATGGAGTTGATAATGTATTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G155729_T03
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G155729_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os08g10600.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gtaatctctaaattgcgatgcggtaaattataaatgcatgctattaatgttagtgatgact-ttctgcttgtttttttctttggttgtacc-cagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGTATGTAGATTGCTATGGAGTTGATAATGTATTG
|||||  ||    |      | | | |  | || |  ||  |||  |||||||  |  | | |  || || |||  |  |||   ||| || |||||||||||||| |||||||||| || |||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||
gtaattccttgtat------cagaatacaacaattatatattatcgatgttagccacaattatgttgtttatttcctctttttactgtgccacagCTCTAAAATCTCAAAGGTTGCTGGACGATATGGCTGGAAGAGGTGTGAAATATGTAGATTGCTATGGAGTTGACAATGTATTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|74243750|gb|DT651664.1|DT651664
EST:     GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTG                         CTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGT
genomic: GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTGgtaatctcta ... ttgtacccagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGT
EST: gi|211407698|gb|FL252163.1|FL252163
EST:     GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTG                         CTCTAAAATCTAARAGGTTGCTTGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGT
genomic: GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTGgtaatctcta ... ttgtacccagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGT
EST: gi|211407699|gb|FL252164.1|FL252164
EST:     GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTG                         CTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTTGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGT
genomic: GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTGgtaatctcta ... ttgtacccagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgctattaatgttagtgatgactttctgcttgtttttttctttggttgtacccagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGTATGTAGATTGCTATGGAGTTGATAATGTATTG
   tattaat  putative branch site (score: 2)
                                tttttttctttggtt  putative PPT
                             ttgtttttttcttt  TA-rich tract