Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatctcttactaccatttcctatgtttgcttgtgttctcttcctctgtggcatagacccttttttgtggttcaaaacaaactctcttggctatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAACCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G152775_T04
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G152775_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g53060.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
-----tatctcttactaccatttcctatgtttgcttgtgttctcttcctctgtggcatagacccttttttgtggttcaaaacaaactctcttggctatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAACCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG
     ||  |      |    ||  ||| |||||||    |    |    | |   | |||||  |  || | |     |||  |      ||   ||  |||||||||| || ||||| ||   |||||| ||| ||||||| ||||| ||||  |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || || ||||
aattttaagttgaggcatgtcttgttatctttgcttaaaatgctattacttttctgaaagaccaatgattcttg-----aacttatggatatgataatcttgcagATAAACGCAGATGGTGTTTCGAGGAAATTTCACCCTGGAGACAAACTACAACTGTGGCATGAAGAGCTGGAGCCCCAGAACTCGTTGCTGGACATACTTG

upper sequence: GRMZM2G152775_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os06g04800.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
tatctcttactaccatttcctatgtttgcttgtgttctcttcctctgtggcatagacccttttttgtggttcaaaacaaactctcttggctatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAACCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG
 ||       ||   ||    |  | | ||  | |  || | ||      |||    ||       ||||  |  ||  |  |   ||   ||| ||||||||||||| ||||| ||   |||||| ||| ||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||| |||| ||||||||||||||||| || || ||||
aatgcagatttaagtttagagacatgtcctgttctcttcgttctacccatcatgtttccaaaggattggtggattacttatgcatatgatcatgttgcagATAAATGCCGATGGTGTTTCGAGGAAATTTCACCCTGGTGACAAACTACCACTCTGGCATGAAGAGATGGAGCCCCAGAACTCGTTGCTCGACATACTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21809992|gb|BQ668310.1|BQ668310
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAAAAGAACTTTTACCCTGGCGACGAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|22715386|gb|BU197734.1|BU197734
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|60359395|gb|DN226368.1|DN226368
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|94477407|gb|EB706365.1|EB706365
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|84977380|gb|DW475802.1|DW475802
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|211449613|gb|FL033174.1|FL033174
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCT
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCT
EST: gi|148937130|gb|EC881305.2|EC881305
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|148951987|gb|EC897769.2|EC897769
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|211478706|gb|FL031234.1|FL031234
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGKGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|32945196|gb|CF050015.1|CF050015
EST:     GGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ACAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: GGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|78544138|gb|DV621636.1|DV621636
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|18178562|gb|BM379772.1|BM379772
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|30052156|gb|AI065445.2|AI065445
EST:     GTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGATACCC
genomic: GTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|71423917|gb|DR806179.1|DR806179
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|5713710|gb|AI943702.1|AI943702
EST:     TCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGCCAAGCTACCC
genomic: TCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|76016135|gb|DT943305.1|DT943305
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|32936732|gb|CF041551.1|CF041551
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|67013660|gb|CO442409.1|CO442409
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|30052392|gb|AI065681.2|AI065681
EST:     TTGCTATGGCCCGNGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|32937349|gb|CF042168.1|CF042168
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|21390127|gb|BQ528176.1|BQ528176
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|67014760|gb|CO443509.1|CO443509
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGTCG-ATGGCGTGAAGAAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTAC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATG-CGGATGGCGTGAAGA-GGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTAC
EST: gi|6403382|gb|AW171857.1|AW171857
EST:     ATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: ATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|21391153|gb|BQ529202.1|BQ529202
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|148937129|gb|EC881304.2|EC881304
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|26457200|gb|CA828783.1|CA828783
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|211141148|gb|FL467356.1|FL467356
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGCACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|21809993|gb|BQ668311.1|BQ668311
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|22819123|gb|BU499213.1|BU499213
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|101398688|gb|EB821216.1|EB821216
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTA
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTA
EST: gi|71303125|gb|DR787668.1|DR787668
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|211427387|gb|FK988650.1|FK988650
EST:     GCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTTGGGAGGGGTTGTCCGCACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAAGAG-AACTTTTACCCTGGCGACNAGCTACC
genomic: GCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGT-GG-AGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAA-GAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACC
EST: gi|213175464|gb|FM189533.1|FM189533
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|33104337|gb|CF064297.1|CF064297
EST:     CTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGAGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|148952879|gb|EC898871.2|EC898871
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|148971697|gb|EE022425.2|EE022425
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGGAGGA-CTTTTTACCCTGGCGACAAGCTAC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAG-AGGAACTTTT-ACCCTGGCGACAAGCTAC
EST: gi|9742610|gb|BE518758.1|BE518758
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGAACAAGACTAC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGA-CAAG-CTAC
EST: gi|148952878|gb|EC898870.2|EC898870
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|37379515|gb|CF626500.1|CF626500
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|74235911|gb|DT643825.1|DT643825
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|6989621|gb|AW447834.1|AW447834
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|166651491|gb|EG291540.1|EG291540
EST:     CGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTAGGCGACAAGCTACC
genomic: CGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCT-GGCGACAAGCTACC
EST: gi|94476275|gb|EB705233.1|EB705233
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|22521594|gb|BU080405.1|BU080405
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|94476274|gb|EB705232.1|EB705232
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|110955458|gb|EE175510.1|EE175510
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|211449612|gb|FL033173.1|FL033173
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|76925301|gb|DV170370.1|DV170370
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|91051637|gb|EB162055.1|EB162055
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|149085984|gb|EE175511.2|EE175511
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|37396589|gb|CF635586.1|CF635586
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|78110532|gb|DV528942.1|DV528942
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|22521595|gb|BU080406.1|BU080406
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|76287815|gb|DV027383.1|DV027383
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtggcatagacccttttttgtggttcaaaacaaactctcttggctatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAACCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG
              ttttttgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatctcttactaccatttcctatgtttgcttgtgttctcttcctctgtggcatagacccttttttgtggttcaaaacaaactctcttggctatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAACCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA