1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtcagcattccttgttctgtgtgctggatacgttttatactagtaattaaacgatatgtggtgggagcatgcatctgcataagaggtttggagaatagatgcatttatcgcaacaaaatttgaacgtgaattatacatatccatgtgcaatttggcctaagcacttttatcttgtccacagGTTGAATATAAATTACCCATCGGGAAATATGTTCAAGCTGCATGATTGTGCTGTCTGCCAATTGGAGATGAAACCTGGTGAGGGCACCTCTGTTCACGGT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G150213_T04 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATACGAGGAGGGCTCTGCAATGCTTGCTCGAAG GTTGAATATAAATTACCCATCGGGAAATATGTTCAAGCTGCATGATTGTGCEST: gi|91053764|gb|EB164182.1|EB164182
genomic: TATACGAGGAGGGCTCTGCAATGCTTGCTCGAAGgtcagcattc ... ttgtccacagGTTGAATATAAATTACCCATCGGGAAATATGTTCAAGCTGCATGATTGTGC
EST: GATGTCGTGGAGGAAATATACGAGGAGGGCTCTGCAATGCTTGCTCGAAG GTTGAATATAAATTACCCATCGGGAAATATGTTCAAGCTGCATGATTGTGC
genomic: GATGTCGTGGAGGAAATATACGAGGAGGGCTCTGCAATGCTTGCTCGAAGgtcagcattc ... ttgtccacagGTTGAATATAAATTACCCATCGGGAAATATGTTCAAGCTGCATGATTGTGC
tgaattatacatatccatgtgcaatttggcctaagcacttttatcttgtccacagGTTGAATATAAATTACCCATCGGGAAATATGTTCAAGCTGCATGATTGTGCTGTCTGCCAATTGGAGATGAAACCTGGTGAGGGCACCTCTGTTCACGGT
cttttatcttgtcc CT-rich tract
tatacatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcagcattccttgttctgtgtgctggatacgttttatactagtaattaaacgatatgtggtgggagcatgcatctgcataagaggtttggagaatagatgcatttatcgcaacaaaatttgaacgtgaattatacatatccatgtgcaatttggcctaagcacttttatcttgtccacagGTTGAATATAAATTACCCATCGGGAAATATGTTCAAGCTGCATGATTGTGCTGTCTGCCAATTGGAGATGAAACCTGGTGAGGGCACCTCTGTTCACGGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG