1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gattcaatattatatctttctcttaatgtcatgttttaatgaacagttgccgtagcttactatgttattagcatggttaaccttttgctgctgtttgcagGTTCCAATGTTTGAAAACATGGATGAACAGCTGTTGGATGCCATGTGTGATCGTCTAAAGCCTATGCTGTACACAGAAGGAAGCTGCATCATTCGCGAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G148118_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGAAGAGAGATAAAGAGACATCTTTGTTTGTCACTTCTCATGAAG GTTCCAATGTTNGAAAACATGGATGAACAGCTGTTGGATGCCATGTGTGATEST: gi|56691652|gb|CX129555.1|CX129555
genomic: AGAAGAGAGATAAAGAGACATCTTTGTTTGTCACTTCTCATGAAGgtgcttccct ... ctgtttgcagGTTCCAATGTTTGAAAACATGGATGAACAGCTGTTGGATGCCATGTGTGAT
EST: ATCTTAGAAGAGAGATAAAGAGACATCTTTGTTTGTCACTTCTCATGAAG GTTCCAATGTTTGAAAACATGGATGAACAGCTGTTGGATGCCATGTGTGAT
genomic: ATCTTAGAAGAGAGATAAAGAGACATCTTTGTTTGTCACTTCTCATGAAGgtgcttccct ... ctgtttgcagGTTCCAATGTTTGAAAACATGGATGAACAGCTGTTGGATGCCATGTGTGAT
gttgccgtagcttactatgttattagcatggttaaccttttgctgctgtttgcagGTTCCAATGTTTGAAAACATGGATGAACAGCTGTTGGATGCCATGTGTGATCGTCTAAAGCCTATGCTGTACACAGAAGGAAGCTGCATCATTCGCGAAG
ggttaac putative branch site (score: 33)
ttactatgttatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gattcaatattatatctttctcttaatgtcatgttttaatgaacagttgccgtagcttactatgttattagcatggttaaccttttgctgctgtttgcagGTTCCAATGTTTGAAAACATGGATGAACAGCTGTTGGATGCCATGTGTGATCGTCTAAAGCCTATGCTGTACACAGAAGGAAGCTGCATCATTCGCGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - -catgttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgccg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatggt