Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcacttgttttcttttgtattaatacctatactattacagttcatttcttttatcaacatcattatctaacattcccatactctgattatttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G147671_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G147671_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os03g13970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
tcacttgttttcttttgtattaatacctatactattac--agttcattt---cttttatcaacatcattatctaacattcccatactctgattatttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG
  ||  | |  ||| |  |  ||  |  |   |   |   |   |||||   | |||     |    |  ||| |  ||     | | |||||   | |  |||||||||||||||||||||||||| |||  |  ||| ||| |  |||||||||| |||||||||||||||||| | |||||  |||| |||||||| || 
--acaagctaacttgtaaagaaaagctcagcatgcaaagaaacacatttagacatttccatgctctttggtctgatgtttaaccaatttgatt---tctgcgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGACGCAGGCGGGTCTAGTCAGTCTGATATGAGCAAGGTGTTTGAAGACAGATCATTTGTTACATCCATCCTTAACTCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5325058|gb|AI783249.1|AI783249
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|89252647|gb|DY624433.1|DY624433
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTGGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60350002|gb|DN216975.1|DN216975
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATA
EST: gi|18964426|gb|BM660999.1|BM660999
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTG
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTG
EST: gi|24767864|gb|CA403000.1|CA403000
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|9730888|gb|BE509640.1|BE509640
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|32793171|gb|CD945407.1|CD945407
EST:     TGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTGGCATTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|32803740|gb|CD955976.1|CD955976
EST:     GACTCCGCTATGGCCAGAAGCTGGTGCAGATGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: GACTCCGCTATGG-CAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60336789|gb|DN203762.1|DN203762
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60401369|gb|DN234176.1|DN234176
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|211047090|gb|FL234542.1|FL234542
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGACATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|211047091|gb|FL234543.1|FL234543
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGACATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|32937218|gb|CF042037.1|CF042037
EST:     GGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: GGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|32937848|gb|CF042667.1|CF042667
EST:     GGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACCCTGATATGA
genomic: GGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60359212|gb|DN226185.1|DN226185
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|4388150|gb|AI491322.1|AI491322
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|22542686|gb|BU093124.1|BU093124
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|76910327|gb|DV163809.1|DV163809
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|5846870|gb|AI999953.1|AI999953
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTANCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|32803647|gb|CD955883.1|CD955883
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60400076|gb|DN232883.1|DN232883
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|37384426|gb|CF629283.1|CF629283
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCATATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|78021348|gb|DV489735.1|DV489735
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|211132437|gb|FL443441.1|FL443441
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|33095782|gb|CF055776.1|CF055776
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60352219|gb|DN219192.1|DN219192
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60352483|gb|DN219456.1|DN219456
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|67030433|gb|CO459182.1|CO459182
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60395593|gb|DN228463.1|DN228463
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|5124319|gb|AI746055.1|AI746055
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|32824963|gb|CD964685.1|CD964685
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTAGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CCCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|87152942|gb|DY397731.1|DY397731
EST:     GACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTTGACCCTGACTTAACGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTG
genomic: GACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTT-GACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTG
EST: gi|9733092|gb|BE511844.1|BE511844
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|60354976|gb|DN221949.1|DN221949
EST:     AGCTGGAGCAGGTGACTCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: AGCTGGTGCAGTTGAC-CCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|78026924|gb|DV495311.1|DV495311
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
EST: gi|4804535|gb|AI665407.2|AI665407
EST:     TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGG                         CTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA
genomic: TGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 290

GCACTTGCAATGTCAATGGAGGGCGGTGCTTCAGGATCTGCAGCTGTGACTGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 344

GCACTTGCAATGTCAATGGAGGGCGGTGCTTCAGGATCTGCAGCTGTGACTGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 383

GCACTTGCAATGTCAATGGAGGGCGGTGCTTCAGGATCTGCAGCTGTGACTGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 286

GCACTTGCAATGTCAATGGAGGGCGGTGCTTCAGGATCTGCAGCTGTGACTGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTGCAGTTGACCCTGACTTAGCGTTGGgtgtgttttc ... ttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcttttatcaacatcattatctaacattcccatactctgattatttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG
                                    tctgattatttatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcacttgttttcttttgtattaatacctatactattacagttcatttcttttatcaacatcattatctaacattcccatactctgattatttatatgcagCTCTTCAAATGTCTGTCCAGGATGCAAACATGTCCAGTGACACTGATATGAGTAAGGTGTTTGAAGACAGAACGTTTGTGTCATCTATCCTTAATTCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA