1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aaatattttctccctttgactcccgggtgtattatgtaacctctcttccctctcactgatccattttattttgaagtaataaatctggcctgtctaacagGGATAGTTTATGCCCACCGCAACGAGGATGTCGTGAACATGAGGACAGACGGAAGAGAGAAAGGTGGAGCAGACGAGACTGTCCAGAGCTCCTTAGAGGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G146041_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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ttccctctcactgatccattttattttgaagtaataaatctggcctgtctaacagGGATAGTTTATGCCCACCGCAACGAGGATGTCGTGAACATGAGGACAGACGGAAGAGAGAAAGGTGGAGCAGACGAGACTGTCCAGAGCTCCTTAGAGGA
cactgat putative branch site (score: 42)
cctgtct putative PPT
attttattttgaagta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaatattttctccctttgactcccgggtgtattatgtaacctctcttccctctcactgatccattttattttgaagtaataaatctggcctgtctaacagGGATAGTTTATGCCCACCGCAACGAGGATGTCGTGAACATGAGGACAGACGGAAGAGAGAAAGGTGGAGCAGACGAGACTGTCCAGAGCTCCTTAGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA