1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...acattgcatctgttacttctttgaccaaataattttaatcttatcagtatgtttacattgcagagtgtttgcactgattgttgttccatgtttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTTAGATGTGCCTCCTGGGAAAATGGGACGAGTTATTGGCAGAAAGGGGTC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G142984_T02 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTEST: gi|211320745|gb|FL468785.1|FL468785
genomic: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
EST: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTEST: gi|149107225|gb|EE189109.2|EE189109
genomic: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
EST: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTEST: gi|32859979|gb|CD999660.1|CD999660
genomic: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
EST: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTEST: gi|211412953|gb|FL027553.1|FL027553
genomic: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
EST: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTEST: gi|16926376|gb|BM079444.1|BM079444
genomic: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
EST: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTEST: gi|5070005|gb|AI737970.1|AI737970
genomic: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
EST: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTEST: gi|166628372|gb|EG153265.1|EG153265
genomic: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
EST: TCCTGTCCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTEST: gi|211383190|gb|FL437263.1|FL437263
genomic: TCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
EST: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTEST: gi|67015787|gb|CO444536.1|CO444536
genomic: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
EST: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTEST: gi|60344970|gb|DN211943.1|DN211943
genomic: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
EST: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTEST: gi|67016231|gb|CO444980.1|CO444980
genomic: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
EST: CTTAAGCGACA-CCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTNCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCCTGA-GCCGATATNCTGTCAGTCEST: gi|37392421|gb|CF633460.1|CF633460
genomic: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCC-TGAAGCCGATATCCTGTCAGTC
EST: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTEST: gi|111189956|gb|EE288092.1|EE288092
genomic: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
EST: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTEST: gi|16918764|gb|BM073885.1|BM073885
genomic: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
EST: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTEST: gi|110531048|gb|EE035232.1|EE035232
genomic: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
EST: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTG ATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CTTAAGCGACAACCAGTTTGCAGATTGGTCACCTCTTCCTCCTGTCCCTGgtcagtatat ... tttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCT
agtatgtttacattgcagagtgtttgcactgattgttgttccatgtttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTTAGATGTGCCTCCTGGGAAAATGGGACGAGTTATTGGCAGAAAGGGGTC
cactgat putative branch site (score: 662)
tttacatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acattgcatctgttacttctttgaccaaataattttaatcttatcagtatgtttacattgcagagtgtttgcactgattgttgttccatgtttgtgatagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTTAGATGTGCCTCCTGGGAAAATGGGACGAGTTATTGGCAGAAAGGGGTC
-cattgca
- - -gcatctg
- - - - - - - - - - - gaccaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgattg