1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaagatagtacttctcttgtgaaaaaggatattttgcatttaccatttgtgtataaatttgatcaattttattatgctacttcaaattgaacaacagCTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAGTTGCTGGAGGATGAAGAGGAAGCTGCTCAGAAAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G142502_T03 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTG CTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAGEST: gi|149014312|gb|EE043889.2|EE043889
genomic: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTGgtaagatagt ... tgaacaacagCTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAG
EST: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTG CTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAGEST: gi|78081830|gb|DV510242.1|DV510242
genomic: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTGgtaagatagt ... tgaacaacagCTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAG
EST: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTG CTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAGEST: gi|89106855|gb|DY577072.1|DY577072
genomic: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTGgtaagatagt ... tgaacaacagCTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAG
EST: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTG CTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAGEST: gi|22521311|gb|BU080122.1|BU080122
genomic: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTGgtaagatagt ... tgaacaacagCTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAG
EST: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTG CTTGAAGCATGGGGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAGEST: gi|89106854|gb|DY577071.1|DY577071
genomic: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTGgtaagatagt ... tgaacaacagCTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAG
EST: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTG CTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAGEST: gi|22520755|gb|BU079566.1|BU079566
genomic: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTGgtaagatagt ... tgaacaacagCTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAG
EST: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTG CTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAGEST: gi|101399620|gb|EB821656.1|EB821656
genomic: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTGgtaagatagt ... tgaacaacagCTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAG
EST: GTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAAGT-ACATGCTTGAACAAAAGCTG CTTGAAGCATGGTGTGCTGEST: gi|71438193|gb|DR819243.1|DR819243
genomic: GTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTA-GTTACATGCTTGAACAAAAGCTGgtaagatagt ... tgaacaacagCTTGAAGCATGGTGTGCTG
EST: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTG CTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGA
genomic: AGTTGAAAAATGTTGTTTCGTGCGCTAGTTACATGCTTGAACAAAAGCTGgtaagatagt ... tgaacaacagCTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGA
ccatttgtgtataaatttgatcaattttattatgctacttcaaattgaacaacagCTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAGTTGCTGGAGGATGAAGAGGAAGCTGCTCAGAAAAG
atttgat putative branch site (score: 5)
tgtgtataaatttgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagatagtacttctcttgtgaaaaaggatattttgcatttaccatttgtgtataaatttgatcaattttattatgctacttcaaattgaacaacagCTTGAAGCATGGTGTGCTGATAAGACTGCTGAAGCATTAAGATGCCAGAAGTTGCTGGAGGATGAAGAGGAAGCTGCTCAGAAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT