Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacggatccggtttcatgactgttgctttggcatggtgttggaatatctgtgcacatctatcgccgcgtttgttacttgtcgctgtatgctacagccacactgatgttttgtgtcgccactaatatctgctagGGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAAGGTTCTCGTCCGGCATGATGTGTTGCTCTCAGTTCATCCGACAACAACA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G135568_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G135568_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os08g01740.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gtacggatccggtttcatgactgttgctttggcatggtgttggaatatctgtgcacatctatcgccgcgtttgttacttgtcgctgtat-gctacagccacactgatgttttgtgtcgccactaatatctgctagGGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAAGGTTCTCGTCCGGCATGATGTGTTGCTCTCAGTTCATCCGACAACAACA
                 | | |||    |       |   |  ||||||| |  ||||   ||     ||  || |  |||   |     ||||     ||| |||  | | | || || |    |   ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| || || |||||||||| |||||| |||||||| || || ||||||
----------------gtaagtgtccactgtttggtgctcttcaatatcttttgacattgctccttcagtccgtgatatgtttataagcagctatttttacattgacatat-gagttgctatcctttgttgctagGGATGAAGTGGTGGTATCACAAGCAATAGAACTGAACGAAGAGCTTCACAAGGTCCTTGTACGGCATGATGCGTTGCTTTCAGTTCAGCCAACTACAACA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89249738|gb|DY621524.1|DY621524
EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacggatcc ... tatctgctagGGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
EST: gi|37397489|gb|CF636044.1|CF636044
EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacggatcc ... tatctgctagGGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
EST: gi|149083910|gb|EE173286.2|EE173286
EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacggatcc ... tatctgctagGGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
EST: gi|40337041|gb|CK371111.1|CK371111
EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacggatcc ... tatctgctagGGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
EST: gi|71757754|gb|DR955691.1|DR955691
EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacggatcc ... tatctgctagGGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
EST: gi|101381892|gb|EB813003.1|EB813003
EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacggatcc ... tatctgctagGGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
EST: gi|31349910|gb|CD434267.1|CD434267
EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacggatcc ... tatctgctagGGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
EST: gi|149082655|gb|EE171861.2|EE171861
EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacggatcc ... tatctgctagGGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
EST: gi|88748264|gb|DY532405.1|DY532405
EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacggatcc ... tatctgctagGGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
EST: gi|60339241|gb|DN206214.1|DN206214
EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGGATGATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacggatcc ... tatctgctagGGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtcgctgtatgctacagccacactgatgttttgtgtcgccactaatatctgctagGGATGAAATGGTGGTGTCACAAGCTATAGAGCTAAACGAAGAGCTACATAAGGTTCTCGTCCGGCATGATGTGTTGCTCTCAGTTCATCCGACAACAACA
                                       cactaat  putative branch site (score: 2)
                                        actaatat  TA-rich tract