Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gcatacattgcaaacttccctgatttgctgccatgtattactattactttagccccattgattttgttattgttggttatacggctgtgcttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCAATGGCCGCAGCTGCCTGATTGGTGTACAGGCCTTTCTATTTTTCTCCCC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G128121_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78115877|gb|DV534265.1|DV534265
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|18165127|gb|BM334966.1|BM334966
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|148971222|gb|EE022081.2|EE022081
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|110220018|gb|EC901916.1|EC901916
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|78104220|gb|DV522638.1|DV522638
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|24769217|gb|CA404346.1|CA404346
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATAGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|71325375|gb|DR799361.1|DR799361
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|93013442|gb|EB638962.1|EB638962
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|71331066|gb|DR802363.1|DR802363
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|18168292|gb|BM338132.1|BM338132
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|4647343|gb|AI622418.1|AI622418
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|32856323|gb|CD996004.1|CD996004
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|33942400|gb|CF349000.1|CF349000
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|211417439|gb|FL345693.1|FL345693
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|71429465|gb|DR810515.1|DR810515
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|149109553|gb|EE293365.2|EE293365
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|60341592|gb|DN208565.1|DN208565
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|4730273|gb|AI649439.1|AI649439
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|78081841|gb|DV510253.1|DV510253
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|18661120|gb|BM501222.1|BM501222
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGGCCTGCTACAGGGGCAGTAC
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGG-CCTGCTACAGGG-CAGTAC
EST: gi|78180140|gb|DV550513.1|DV550513
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|12045820|gb|BF727959.1|BF727959
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACA
EST: gi|31348876|gb|CD433233.1|CD433233
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATAGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|76290822|gb|DV030390.1|DV030390
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|211179193|gb|FL462626.1|FL462626
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|76021492|gb|DT948662.1|DT948662
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|6859967|gb|AW355961.1|AW355961
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGNCAGCAA-GCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
EST: gi|71762956|gb|DR960893.1|DR960893
EST:     ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAG                         GTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA
genomic: ATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 67

AGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAGGATCGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCAATGGCCGCAGCTGCCTGATTGGTGTACAGGCCTTTCTATTTTTCTCCCC


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 75

AGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAGGATCGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCAATGGCCGCAGCTGCCTGATTGGTGTACAGGCCTTTCTATTTTTCTCCCC


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 48

AGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAGGATCGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCAATGGCCGCAGCTGCCTGATTGGTGTACAGGCCTTTCTATTTTTCTCCCC


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 76

AGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAGGATCGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtctttttct ... ttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCAATGGCCGCAGCTGCCTGATTGGTGTACAGGCCTTTCTATTTTTCTCCCC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actttagccccattgattttgttattgttggttatacggctgtgcttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCAATGGCCGCAGCTGCCTGATTGGTGTACAGGCCTTTCTATTTTTCTCCCC
          cattgat  putative branch site (score: 76)
                                            cttgctt  putative PPT
           attgattttgttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gcatacattgcaaacttccctgatttgctgccatgtattactattactttagccccattgattttgttattgttggttatacggctgtgcttgcttgcagGTCGATGACATTGTGCGGGCAGCAAAGCGGGCCTGCTACAGGGCAGTACCAATGGCCGCAGCTGCCTGATTGGTGTACAGGCCTTTCTATTTTTCTCCCC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
gcataca
- - - - - - - -ttccctg
- - - - - - - - - - - - ttgctgc
- - - - - - - - - - - - - - - -catgtat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acggctg