Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgtcaaaatcgaatttgttaatgtaatacttctcgagtaggcacatgttccttgttgatgatcagtgcttgttttgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGATTGCAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G117507_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G331478_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g34540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtctgtcaaaatcgaatttgtt--aatgtaatacttctcgagtaggcacatgttccttgttgatgatcagtgcttgttttgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGATTGCAAG
||  |||||  | |  ||  ||  |||  |   | | | |  |  |||  ||||    | || | ||| ||  |  || |   | |||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||
gttagtcaat-ttgtgttaatttaaatacatgtcatgttgcatgcgcatgtgttttaagatggtcatctgtaatgcttatt--ccacagGGTTTTGCTCGCCTAAGTGCTGTTTATGGTGGCACTTATATGTTAAATAAGCCAGACTGCAAG

upper sequence: GRMZM2G331478_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g23860.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
------------------gtctgtcaaaatcgaatttgtta-atgta-atacttctcgagtaggcacatgttccttgttgatgatcagtgcttgttttgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGATTGCAAG
                   |  || || | |     |  |  ||||  ||  || |    | | || || |  |   ||  |  |||    || | ||   | |||||||||||| ||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||
gttagtgaaattttaatgttaagtaaatacctgtcatactgcatgtgcatgtttttaagatggtcatatataacgctttcttattcaaatatt-tcttattccacagGGTTTTGCTCGTTTAAGTGCTGTTTATGGTGGCACTTACATGTTAAATAAGCCGGACTGCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33095042|gb|CF055036.1|CF055036
EST:     GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
genomic: GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAGgtctgtcaaa ... tgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
EST: gi|23357699|gb|BU645348.1|BU645348
EST:     GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAGgtctgtcaaa ... tgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|33101772|gb|CF061732.1|CF061732
EST:     GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
genomic: GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAGgtctgtcaaa ... tgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
EST: gi|31351669|gb|CD436026.1|CD436026
EST:     GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAGgtctgtcaaa ... tgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|32943016|gb|CF047835.1|CF047835
EST:     GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
genomic: GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAGgtctgtcaaa ... tgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
EST: gi|32933017|gb|CF037829.1|CF037829
EST:     GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
genomic: GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAGgtctgtcaaa ... tgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
EST: gi|15313508|gb|BI478735.1|BI478735
EST:     GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAGgtctgtcaaa ... tgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|5895558|gb|AW036804.1|AW036804
EST:     GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAGgtctgtcaaa ... tgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|24773363|gb|CA408617.1|CA408617
EST:     GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTTACATGTTAAACAA
genomic: GAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAGgtctgtcaaa ... tgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTT-ACATGTTAAACAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 219

CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAGgtctgtcaaa ... tgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGATTGCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 286

CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAGgtctgtcaaa ... tgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGATTGCAAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 241

CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAGgtctgtcaaa ... tgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGATTGCAAG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 102

CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAGgtctgtcaaa ... tgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGATTGCAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctcgagtaggcacatgttccttgttgatgatcagtgcttgttttgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGATTGCAAG
                       tgttgat  putative branch site (score: 102)
                                      cttgtttt  putative PPT
                                       ttgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtctgtcaaaatcgaatttgttaatgtaatacttctcgagtaggcacatgttccttgttgatgatcagtgcttgttttgggctacagGGTTTTGCACGACTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGATTGCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG