1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...cttttcagcttgtttgctgctcaatgttaattgtttgctcgaatacactttctactttgtaagaggctaagcactttattttttatttcgcatatatcagGTGTGGCGGTGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G107101_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACATATTGCTAGCCGCACCTTTGGGCATTCGAAGTGACTATTTTCGATG GTGTGGCGGTGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCEST: gi|89106449|gb|DY576666.1|DY576666
genomic: GACATATTGCTAGCCGCACCTTTGGGCATTCGAAGTGACTATTTTCGATGgtaagtaata ... catatatcagGTGTGGCGGTGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCC
EST: GACATATTGCTAGCCGCACCTTTGGGCATTCGAAGTGACTATTTTCGATG GTGTGGCGGTGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCEST: gi|18963999|gb|BM660750.1|BM660750
genomic: GACATATTGCTAGCCGCACCTTTGGGCATTCGAAGTGACTATTTTCGATGgtaagtaata ... catatatcagGTGTGGCGGTGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCC
EST: GACATATTGCTAGCCGCACCTTTGGGCATTCGAAGTGACTATTTTCGATG GTGTGGCGGTGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCEST: gi|18963998|gb|BM660749.1|BM660749
genomic: GACATATTGCTAGCCGCACCTTTGGGCATTCGAAGTGACTATTTTCGATGgtaagtaata ... catatatcagGTGTGGCGGTGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCC
EST: GACATATTGCTAGCCGCACCTTTGGGCATTCGAAGTGACTATTTTCGATG GTGTGGCGGTGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCC
genomic: GACATATTGCTAGCCGCACCTTTGGGCATTCGAAGTGACTATTTTCGATGgtaagtaata ... catatatcagGTGTGGCGGTGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCC
cactttctactttgtaagaggctaagcactttattttttatttcgcatatatcagGTGTGGCGGTGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG
tttattttttatttcg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttttcagcttgtttgctgctcaatgttaattgtttgctcgaatacactttctactttgtaagaggctaagcactttattttttatttcgcatatatcagGTGTGGCGGTGTAATGGGAAAATATGCTGCTGGTGGAGAGTTGAAGCCTCCAACTACTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC