Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttagttaatgcatgcttgttctactgaagagcagaaattagtattttgatgtacacaaggaacatatattctaactgcctcatttttcaaatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAATGGACATGTCGTCGCAAGTAAATGTAAAGAGTTCTGAAGAGGTTGCTGGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G106427_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G106427_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os09g07320.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
cttagttaatgcatgcttgttctactgaagagcagaaat-tagtattttgatgtacacaaggaacatatattctaac----tgcctcatttttcaaatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAATGGACATGTCGTCGCAAGTAAATGTAAAGAGTTCTGAAGAGGTTGCTGGA
       | ||    ||   ||||         ||  || || | |    | |   | ||| ||  | | |||||||    ||   |||| || ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| |||||  ||||  | |||| ||||| ||| |||| |   || |||| ||||
-----caactgttatctcagtctatgtgcacttagccatgtattgtacaaaggggaagaagaaatgtgtgttctaacattgtgttacattcttgaaatatttcagCAAAGATGGCATATGGGTGGGTCATCTGCTCTCTGGTTACTCATTGCCTATGGAAGTGTCACCTCAAGGAAATGGAAAAAGTTATAGTGATGTTGGTGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101395722|gb|EB819789.1|EB819789
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTTTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|211224621|gb|FL103735.1|FL103735
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGCTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|78124578|gb|DV542962.1|DV542962
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTTTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|76280901|gb|DV020469.1|DV020469
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|76929933|gb|DV172225.1|DV172225
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|76280900|gb|DV020468.1|DV020468
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|148935625|gb|EC879669.2|EC879669
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCT
EST: gi|89764268|gb|DY691136.1|DY691136
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|78090250|gb|DV518624.1|DV518624
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|71772737|gb|DR970664.1|DR970664
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|50331774|gb|CO526900.1|CO526900
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|5123996|gb|AI745837.1|AI745837
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|76282654|gb|DV022222.1|DV022222
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTTTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|76017530|gb|DT944700.1|DT944700
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGAATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGGTCGGTCATTTACTC
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGG-TCGGTCATTTACTC
EST: gi|76929934|gb|DV172226.1|DV172226
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|71764615|gb|DR962552.1|DR962552
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|74232847|gb|DT640761.1|DT640761
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|71764614|gb|DR962551.1|DR962551
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|76291547|gb|DV031115.1|DV031115
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|71427683|gb|DR808733.1|DR808733
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|78085143|gb|DV513536.1|DV513536
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|60339837|gb|DN206810.1|DN206810
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|76282655|gb|DV022223.1|DV022223
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCCAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|86470455|gb|DY236825.1|DY236825
EST:     TTAGGTATAGGAGGGGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
EST: gi|149074980|gb|EE163446.2|EE163446
EST:     TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCAT                         CAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT
genomic: TTAGGTATAGGAGGTGGTCACTATGTTCCTCGTCACATGGATATTGTCATgtaagcactg ... aatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgatgtacacaaggaacatatattctaactgcctcatttttcaaatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAATGGACATGTCGTCGCAAGTAAATGTAAAGAGTTCTGAAGAGGTTGCTGGA
                        ttctaac  putative branch site (score: 1)
                                   tcatttttcaaatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cttagttaatgcatgcttgttctactgaagagcagaaattagtattttgatgtacacaaggaacatatattctaactgcctcatttttcaaatatttcagCAAAGATGGTGTATGGGTCGGTCATTTACTCTCTGGTTACTCCTTGCCAATGGACATGTCGTCGCAAGTAAATGTAAAGAGTTCTGAAGAGGTTGCTGGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - -tgcatgc
- - - - - - - - - - tctactg
- - - - - - - - - - - - - - - agcagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tacacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaacata