1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtgatccaacctaaccattcagacaatcacatgtatgcaatactgcattgtgttattttgctttattaacataatacttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G103430_T04 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|60352242|gb|DN219215.1|DN219215
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: GGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|24768223|gb|CA403352.1|CA403352
genomic: GGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|211350822|gb|FL045986.1|FL045986
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGCGGTCSTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACSGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|6952509|gb|AW424577.1|AW424577
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGNGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|148950939|gb|EC896574.2|EC896574
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|40336436|gb|CK370506.1|CK370506
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|20811268|gb|BQ295746.1|BQ295746
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|149072510|gb|EE160790.2|EE160790
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|60337515|gb|DN204488.1|DN204488
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|37393328|gb|CF633926.1|CF633926
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|21809455|gb|BQ667773.1|BQ667773
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|32794928|gb|CD947164.1|CD947164
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: GATCCCTATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGCCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|78081443|gb|DV509855.1|DV509855
genomic: GATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|148974507|gb|EE025291.2|EE025291
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|211353220|gb|FL045989.1|FL045989
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATTGTGCCGEST: gi|110934046|gb|EE154272.1|EE154272
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|60344104|gb|DN211077.1|DN211077
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|71332331|gb|DR803106.1|DR803106
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|60340674|gb|DN207647.1|DN207647
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|149034770|gb|EE155070.2|EE155070
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|211350823|gb|FL045987.1|FL045987
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|78544374|gb|DV621872.1|DV621872
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|149096254|gb|EE181962.2|EE181962
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|148930063|gb|EE285990.2|EE285990
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|211078934|gb|FL257757.1|FL257757
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|148934165|gb|EC878185.2|EC878185
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: ATCCATATGGTGCTTATGGGGGCGGCGGTCCT-CAATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|74233709|gb|DT641623.1|DT641623
genomic: ATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGC-ATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|5058892|gb|AI737368.1|AI737368
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGNAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|110199888|gb|EC881785.1|EC881785
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|4609595|gb|AI600434.1|AI600434
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGEST: gi|4874392|gb|AI673912.1|AI673912
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
tgtatgcaatactgcattgtgttattttgctttattaacataatacttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT
tattaac putative branch site (score: 1)
tactttt putative PPT
ttattttgctttatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgatccaacctaaccattcagacaatcacatgtatgcaatactgcattgtgttattttgctttattaacataatacttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG