Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...catccattttttgctcattatgttacgaagtaagcaatgcatctaaaggaagatccacagtgatgcctacaacagtaactatctttccatggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCTCCATGGATGGAAGTGTGGATTGAAAAAGTAAAAGGCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G101217_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G101217_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g68390.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
--catccattttttgctcattatgttacgaagtaagcaatgcatctaaaggaagatccacagtgatgcctacaacagtaactatctttccatggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCTCCATGGATGGAAGTGTGGATTGAAAAAGTAAAAGGCAG
   |   |  || | |  ||    ||   |  |  ||||| ||| |    ||      |  |      |  |||||| |||  || ||   || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
aagaattagattat-catatggacttcttagcttcgcaat-catatcttagagacatgatggcagcagcctcaacagcaacattcatttggtgtattgtcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCGCCAGATCAGGTCTCTCCATGGATGGAAGTATGGATTGAAAAAGTAAATGGCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|50325602|gb|CO520728.1|CO520728
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
EST: gi|50337135|gb|CO532261.1|CO532261
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATT
EST: gi|101391071|gb|EB817469.1|EB817469
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAAATCAGGTCTCT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
EST: gi|76924073|gb|DV169790.1|DV169790
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
EST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCCATGTTGGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTAACACATGACCTTGTCT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCC-ATGTTGGG-TGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCT
EST: gi|71418854|gb|DR804568.1|DR804568
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
EST: gi|71327533|gb|DR800378.1|DR800378
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
EST: gi|76281532|gb|DV021100.1|DV021100
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaggaagatccacagtgatgcctacaacagtaactatctttccatggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCTCCATGGATGGAAGTGTGGATTGAAAAAGTAAAAGGCAG
                           cagtaac  putative branch site (score: 2)
                              taactat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
catccattttttgctcattatgttacgaagtaagcaatgcatctaaaggaagatccacagtgatgcctacaacagtaactatctttccatggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCTCCATGGATGGAAGTGTGGATTGAAAAAGTAAAAGGCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG