Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttatctgttaaatgatgatgttatttctcctacattatgcccttttgaacagtcttttaggctgcagagtgtcctattcatagtaactcttatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTTGTCATCAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTCTTCATGGTGCCTCTATCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G094712_T02
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G094712_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g55540.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
ttatctgttaaatgatgatgttatttctcctacattatgcccttttgaacagtcttttaggctgcagagtgtc-ctattcatagta-actcttatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTTGTCATCAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTCTTCATGGTGCCTCTATCG
 |     ||||||  ||||  ||  |      |   |  |   |   || |  || ||  | |||| ||     ||   |  | |  |   || | |||||||| |||  |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
gttgaaattaaattttgattctaagttgatgccg--acccagataataatatcctatttagttgcatagaaaaactgaacggaatgtaactttgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTGTAATTAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTATTCATGGTGCATCTATCG

upper sequence: GRMZM2G094712_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv04s0008g03770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
--ttatctgttaaa-tgatgatgttatttctcctacattatgcccttttgaacagtcttttaggctgcagagtgtcctattcatagtaactcttatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTTGTCATCAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTCTTCATGGTGCCTCTATCG
  | || |   |   | ||  | | | ||     |  |||| |   ||||     |  |  | | |     |   | |||  |||   | | |||  ||  |||| || || |  || ||||| ||    |||||||| || ||  | |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| |||||||
agtgattttgcattctcatattttgagttagtaaatcttatacaaatttggctgctactcgaagtttt---gccccttatcaatatccatttttacattatagGTTTGCAAGACGGCGGATGTGGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGGTTAAACTTGTGATCAGGCCTATGTTTTCAAACCCACCCATTCATGGTGCATCTATCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67020983|gb|CO449732.1|CO449732
EST:     TGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGCGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: TGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|149072592|gb|EE286792.2|EE286792
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|31356689|gb|CD441046.1|CD441046
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|7162311|gb|AW519918.1|AW519918
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGCTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|78027140|gb|DV495527.1|DV495527
EST:     GCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: GCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|78080376|gb|DV508788.1|DV508788
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|211187210|gb|FL054032.1|FL054032
EST:     TGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAGAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: TGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32835718|gb|CD975396.1|CD975396
EST:     GCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: GCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|38502478|gb|CF972338.1|CF972338
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|24767776|gb|CA402912.1|CA402912
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|24764022|gb|CA399191.1|CA399191
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|33095048|gb|CF055042.1|CF055042
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|24764697|gb|CA399860.1|CA399860
EST:     CGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTCTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: CGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32928849|gb|CF033661.1|CF033661
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|78080377|gb|DV508789.1|DV508789
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|4874452|gb|AI673972.1|AI673972
EST:     GTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: GTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927161|gb|CF031973.1|CF031973
EST:     ATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|24767122|gb|CA402266.1|CA402266
EST:     ACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|33102270|gb|CF062230.1|CF062230
EST:     GCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: GCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32835738|gb|CD975416.1|CD975416
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|61118378|gb|DN559339.1|DN559339
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32929220|gb|CF034032.1|CF034032
EST:     GAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: GAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|20507971|gb|BQ279844.1|BQ279844
EST:     GGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: GGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927179|gb|CF031991.1|CF031991
EST:     GCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: GCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|33100553|gb|CF060513.1|CF060513
EST:     AGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: AGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32933396|gb|CF038208.1|CF038208
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|33100547|gb|CF060507.1|CF060507
EST:     CGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: CGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|31360460|gb|CD444817.1|CD444817
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 189

AGTGCGTATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAACTTCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTTGTCATCAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTCTTCATGGTGCCTCTATCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 519

AGTGCGTATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAACTTCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTTGTCATCAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTCTTCATGGTGCCTCTATCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 438

AGTGCGTATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAACTTCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTTGTCATCAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTCTTCATGGTGCCTCTATCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 471

AGTGCGTATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAACTTCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTTGTCATCAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTCTTCATGGTGCCTCTATCG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaacagtcttttaggctgcagagtgtcctattcatagtaactcttatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTTGTCATCAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTCTTCATGGTGCCTCTATCG
                                   tagtaac  putative branch site (score: 471)
                                         ctcttat  CT-rich tract
                             tattcata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttatctgttaaatgatgatgttatttctcctacattatgcccttttgaacagtcttttaggctgcagagtgtcctattcatagtaactcttatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTTGTCATCAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTCTTCATGGTGCCTCTATCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - tgatgat
- - - - - - - - - - - - - - cctacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgccctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctgcag