1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtttgttattgttttcttacttcccagtgatttcttcattattttagcaatatagacgagattagatattccagggtgcaaatatgttttgattatacggtgaatttgcaagttaaatgatatttgttctttctagTGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGCTAAACATGCACAGAACCAAAATAACAAGCCTAAGTCCAAGGTCCCCAATGGAAGTGAAGCTGATGAC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G087749_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAACAAAGAGGTCCTGAGAAGGAAGAGGAAGACTACTTCAATGAGGACAG TGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGCTAAACATGCACAGAACCAEST: gi|60338006|gb|DN204979.1|DN204979
genomic: GAACAAAGAGGTCTTGAGAAGGAAGAGGAAGACTACTTCAATGAGGACAGgtttgttatt ... ttctttctagTGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGCTAAACATGCACAGAACCA
EST: GAACAAAGAGGTCTTGAGAAGGAAGAGGAAGACTACTTCAATGAGGACAG TGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGCTAAACATGCACAGAACCAEST: gi|33094631|gb|CF054625.1|CF054625
genomic: GAACAAAGAGGTCTTGAGAAGGAAGAGGAAGACTACTTCAATGAGGACAGgtttgttatt ... ttctttctagTGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGCTAAACATGCACAGAACCA
EST: GAACAAAGAGGTCTTGAGAAGGAAGAGGAAGACTACTTCAATGAGGACAG TGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGCTAAACATGCACAGAACCA
genomic: GAACAAAGAGGTCTTGAGAAGGAAGAGGAAGACTACTTCAATGAGGACAGgtttgttatt ... ttctttctagTGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGCTAAACATGCACAGAACCA
atatgttttgattatacggtgaatttgcaagttaaatgatatttgttctttctagTGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGCTAAACATGCACAGAACCAAAATAACAAGCCTAAGTCCAAGGTCCCCAATGGAAGTGAAGCTGATGAC
ttttgat putative branch site (score: 37)
tatttgttctttct putative PPT
aagttaaatgatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttgttattgttttcttacttcccagtgatttcttcattattttagcaatatagacgagattagatattccagggtgcaaatatgttttgattatacggtgaatttgcaagttaaatgatatttgttctttctagTGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGCTAAACATGCACAGAACCAAAATAACAAGCCTAAGTCCAAGGTCCCCAATGGAAGTGAAGCTGATGAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT