Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtaaaaccccccaaagcccagtttagctgtaaatttctatctgtagatccaaaggtttacttgatttaatttgtttcttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTTGTTGTCGGTGTTGGAGGCAGACCATTGACTACTCTCTTCAAGGGTCAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G084881_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G084881_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os09g39380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gtatgtaaaaccccccaaagcccagtttagctgtaaatttctatctgtagatccaaaggtttacttgattta-atttgtttcttgcttac-agGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTTGTTGTCGGTGTTGGAGGCAGACCATTGACTACTCTCTTCAAGGGTCAAG
||||||| | |  ||  ||  |||   ||||| |  |  |||   |||  || |||| |  |   || |||  ||  ||| | |  |||| ||||||| |||||||| || ||| ||||||  || |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||| || |||||||
gtatgtacatcttcc--aaatccaaaatagctctgtagctctcagtgtgaatgcaaatgactgtctgctttccatcggttccctatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTGTTGTTGGTGTTGGGGGCAGACCGCTGACTACTCTCTTTAAAGGTCAAG

upper sequence: GRMZM2G084881_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA10G07820.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
----gtatgtaaaaccccccaaagcccagtttagctgtaaatttctatctgtagatccaaaggtttacttgatttaatttgtttcttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTTGTTGTCGGTGTTGGAGGCAGACCATTGACTACTCTCTTCAAGGGTCAAG
    |  || |      |    | ||| ||   | |      || ||     || |||  |     |||     | | ||   ||   | | ||||| |  | ||| || |||||||||||||  || || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||    ||     |  |||| || || |
gtatggttgcatgtgatcttggaaccctgtcatggtagggcatttta----aagttccttaatcaaactcatcatgactttcatccatcattcagGTAAAAGAAGTCAAACTAAAGGATGGCAGGGTCCTGGAAGCTGATATTGTTGTTGTTGGTGTTGGAGGAAGGCCTCAAACAGTCTTAGTCAAAGGGCAGG

upper sequence: GRMZM2G084881_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA0169S00210.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
----gtatgtaaaaccccccaaagcccagt--ttagctgtaaatttctatctgtagatccaaaggtttacttgatttaatttgtttcttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTTGTTGTCGGTGTTGGAGGCAGACCATTGACTACTCTCTTCAAGGGTCAAG
    |  || |      |    | ||| ||  |  | ||  | |||  || |     | |  |     |||     | | ||   ||   | | ||||| |  | ||| || |||||||||||||  || || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||    ||  |  |  |||| || || |
gtatggttgcatgtgatcttggaaccctgtaatgggatggcattttaaatttcctatttcgtaatcaaactcaccatgactttaatccatcattcagGTAAAAGAAGTCAAACTAAAGGATGGCAGGGTCCTGGAAGCTGATATTGTTGTCGTTGGTGTTGGAGGAAGGCCTCAAACAGCCTTAGTCAAAGGGCAGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32837675|gb|CD977353.1|CD977353
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCTCTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTA
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTA
EST: gi|32837679|gb|CD977357.1|CD977357
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTA
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTA
EST: gi|6672243|gb|AW282409.1|AW282409
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|213174582|gb|FM195806.1|FM195806
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|67015015|gb|CO443764.1|CO443764
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|32938597|gb|CF043416.1|CF043416
EST:     -CTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAACTAAAGGATGGCACAGT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGT
EST: gi|74236615|gb|DT644529.1|DT644529
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|32933738|gb|CF038550.1|CF038550
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGT
EST: gi|32823433|gb|CD963155.1|CD963155
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTA
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTA
EST: gi|67020428|gb|CO449177.1|CO449177
EST:     CGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTCAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: CGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|60672306|gb|DN475070.1|DN475070
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|60351729|gb|DN218702.1|DN218702
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|32857765|gb|CD997446.1|CD997446
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGACGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|4646790|gb|AI621865.1|AI621865
EST:     TGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|33103313|gb|CF063273.1|CF063273
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTAC
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTAC
EST: gi|32837255|gb|CD976933.1|CD976933
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTA
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTA
EST: gi|32828473|gb|CD968151.1|CD968151
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTAC
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTAC
EST: gi|32848333|gb|CD988014.1|CD988014
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTAC
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTAC
EST: gi|18648970|gb|BM497789.1|BM497789
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|33101258|gb|CF061218.1|CF061218
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTAC
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTAC
EST: gi|60350416|gb|DN217389.1|DN217389
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|33102352|gb|CF062312.1|CF062312
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTG-TGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGACACAGT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGT
EST: gi|211263515|gb|FL023464.1|FL023464
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|32847380|gb|CD987061.1|CD987061
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGTTAAAGGATGGCACAGT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGT
EST: gi|211263517|gb|FL023466.1|FL023466
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|32829258|gb|CD968936.1|CD968936
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTANAGGATGGCACAGTAC
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTAC
EST: gi|32829160|gb|CD968838.1|CD968838
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTA
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTA
EST: gi|32940843|gb|CF045662.1|CF045662
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCT-TTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGT
EST: gi|211265947|gb|FL023470.1|FL023470
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|211265946|gb|FL023469.1|FL023469
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|166539017|gb|EG088479.1|EG088479
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGC
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGC
EST: gi|32830136|gb|CD969814.1|CD969814
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTA
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTA
EST: gi|32828804|gb|CD968482.1|CD968482
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGT
EST: gi|60339425|gb|DN206398.1|DN206398
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|67015610|gb|CO444359.1|CO444359
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|32828858|gb|CD968536.1|CD968536
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTA
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTA
EST: gi|32850735|gb|CD990416.1|CD990416
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGT
EST: gi|60399037|gb|DN231853.1|DN231853
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|33101866|gb|CF061826.1|CF061826
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGGTGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGT
EST: gi|14204226|gb|BG837903.1|BG837903
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|67018255|gb|CO447004.1|CO447004
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|51592884|gb|CV072030.1|CV072030
EST:     GCTGATGCCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
genomic: GCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTT
EST: gi|32846066|gb|CD985747.1|CD985747
EST:     TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGTCAATGGTGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGT
EST: gi|32830261|gb|CD969939.1|CD969939
EST:     TCTTGAANGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATG-TGAT                         GTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGAATG-CACAGT
genomic: TCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGA-TGGCACAGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 872

CGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATACTAACAAAGGTGTAAAGATCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTTGTTGTCGGTGTTGGAGGCAGACCATTGACTACTCTCTTCAAGGGTCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 3383

CGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATACTAACAAAGGTGTAAAGATCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTTGTTGTCGGTGTTGGAGGCAGACCATTGACTACTCTCTTCAAGGGTCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1886

CGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATACTAACAAAGGTGTAAAGATCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTTGTTGTCGGTGTTGGAGGCAGACCATTGACTACTCTCTTCAAGGGTCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 2916

CGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATACTAACAAAGGTGTAAAGATCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCCAATGGTGATgtatgtaaaa ... ttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTTGTTGTCGGTGTTGGAGGCAGACCATTGACTACTCTCTTCAAGGGTCAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttctatctgtagatccaaaggtttacttgatttaatttgtttcttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTTGTTGTCGGTGTTGGAGGCAGACCATTGACTACTCTCTTCAAGGGTCAAG
                               atttaat  putative branch site (score: 2916)
                                     tttgtttcttgctt  CT-rich tract
                       tttacttgatttaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtaaaaccccccaaagcccagtttagctgtaaatttctatctgtagatccaaaggtttacttgatttaatttgtttcttgcttacagGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTTGTTGTCGGTGTTGGAGGCAGACCATTGACTACTCTCTTCAAGGGTCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG