Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttggtgctggtttcccatgcattgttattgtgatgtatgtatttgtacttatctaagtatgaaacattttgtaattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGTGCCCATTCTGTCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G077233_T06
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G077233_T06 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g18630.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
-----------------------gtttggtgctggtttcccatgcattgttattgtgatgtatgtatttgtacttatctaagtatgaaaca-ttttgtaattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGTGCCCATTCTGTCAG
                       | |||    |   ||   |||| |  || || | ||  || |     |   |  | || ||| ||| | |||||| | ||||||| |||||||   |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| | | |||||||||
gtttgccacttgtctgaacattggattgaatttttcttgtgatgcttcatttttttcattgatcttggattctctgaccaaatataaaataattttgtgactgagcagGCAAGCCCCATGAAACTGTGCTCTCAGATTGGTCTCTGTGCATTTGATGGTACTCGTTCTGTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78179647|gb|DV550020.1|DV550020
EST:     AAGTGGTGGGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: gi|67023174|gb|CO451923.1|CO451923
EST:     AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: gi|12047192|gb|BF729331.1|BF729331
EST:     AAGTGGTGGGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: gi|13125876|gb|BG316446.1|BG316446
EST:     AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCT
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCT
EST: gi|76291014|gb|DV030582.1|DV030582
EST:     AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: gi|31250410|gb|CD219434.1|CD219434
EST:     AAGTGGTGGGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: gi|8577168|gb|BE129805.1|BE129805
EST:     TGGTGGGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
genomic: TGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: gi|32858947|gb|CD998628.1|CD998628
EST:     GAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
genomic: GAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: gi|6194440|gb|AW146544.1|AW146544
EST:     AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         -CAAGCCCACAGAAAGTGGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGG
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTG-TGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtgatgtatgtatttgtacttatctaagtatgaaacattttgtaattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGTGCCCATTCTGTCAG
                                  aaacattttgtaatt  TA-rich tract