Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacttgtgaaccttaggctagtacttactatgtttatggtcctactagcactcctgaagtcctattttgtttatggtcttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGTTTGTTTGACCCTATTAAAGCTACAGAAGAAGGCCGAGCTGTGTACTTTA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G075488_T02
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32928448|gb|CF033260.1|CF033260
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGTACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|32928122|gb|CF032934.1|CF032934
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|67042357|gb|CO468612.1|CO468612
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|149075977|gb|EE164546.2|EE164546
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTTTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|31998054|gb|CD661896.1|CD661896
EST:     TCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|60358578|gb|DN225551.1|DN225551
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|32928342|gb|CF033154.1|CF033154
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|211492404|gb|FL232704.1|FL232704
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|67011936|gb|CO440685.1|CO440685
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|148934530|gb|EC878572.2|EC878572
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatggtcctactagcactcctgaagtcctattttgtttatggtcttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGTTTGTTTGACCCTATTAAAGCTACAGAAGAAGGCCGAGCTGTGTACTTTA
                             tattttgtttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaacttgtgaaccttaggctagtacttactatgtttatggtcctactagcactcctgaagtcctattttgtttatggtcttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGTTTGTTTGACCCTATTAAAGCTACAGAAGAAGGCCGAGCTGTGTACTTTA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG