1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...gaagcgctatcctggattccaggcctttacttgtggtatctgtaggcgtgctcacacttttttttatgttagtgcactcactgggttccttctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G070218_T02 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAEST: gi|211063379|gb|FL406022.1|FL406022
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCEST: gi|211221229|gb|FL370915.1|FL370915
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGC
EST: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCEST: gi|211387313|gb|FL389279.1|FL389279
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGC
EST: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAEST: gi|211466253|gb|FL386709.1|FL386709
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
gcgtgctcacacttttttttatgttagtgcactcactgggttccttctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGAT
cactcac putative branch site (score: 119)
ttccttctat putative PPT
acttttttttatgtta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaagcgctatcctggattccaggcctttacttgtggtatctgtaggcgtgctcacacttttttttatgttagtgcactcactgggttccttctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - cctggat
- - - - - - - - - ccaggcc
- - - - - - - - - - - - - ttacttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtaggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcactc