Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaagcgctatcctggattccaggcctttacttgtggtatctgtaggcgtgctcacacttttttttatgttagtgcactcactgggttccttctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G070218_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G070218_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g51410.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
--gaagcgctatcctggat-tccaggcctttacttgtggtatctgtaggcgtgctcacacttttttttatgttagtgcactcactgggttccttctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG
   ||  || |   ||    | ||   ||  ||   |||||  ||||    |  |||      |  |  | | |||   |||||||| ||| | |||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||
aaaaactgcaagtatgatcctgcacatctgcacaactggtag-tgtaattct-ttcatttcagtgctagtatgagt-tgctcactggattcttcctatcttagGCTTTTTCTAAACTCAGCATGCTCGCGGAGCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAG

upper sequence: GRMZM2G070218_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g51410.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
--gaagcgctatcctggattc-caggcctttacttgtggtatctgtaggcgtgctcacacttttttttatgttagtgcactcactgggttccttctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG---------------------
   ||  || |   ||      ||   ||  ||   |||||  ||||    |  |||      |  |  | | |||   |||||||| ||| | |||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||                     
aaaaactgcaagtatgatcctgcacatctgcacaactggtag-tgtaattct-ttcatttcagtgctagtatgagt-tgctcactggattcttcctatcttagGCTTTTTCTAAACTCAGCATGCTCGCGGAGCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAGGTATAACTTCACAAGTTTTTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60358208|gb|DN225181.1|DN225181
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|50324617|gb|CO519743.1|CO519743
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|60338581|gb|DN205554.1|DN205554
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|211208198|gb|FL442564.1|FL442564
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|211208197|gb|FL442563.1|FL442563
EST:     CTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCC-TTTCTTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGC
genomic: CTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTC-TAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGC
EST: gi|211466253|gb|FL386709.1|FL386709
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|148966442|gb|EE017448.2|EE017448
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATTTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|211063379|gb|FL406022.1|FL406022
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGC
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGC
EST: gi|211221229|gb|FL370915.1|FL370915
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGC
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGC
EST: gi|211387313|gb|FL389279.1|FL389279
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|86468677|gb|DY235047.1|DY235047
EST:     GATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: GATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|149095243|gb|EE180868.2|EE180868
EST:     CTGCCTCTCGTCCTTTTTTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTTTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|60337499|gb|DN204472.1|DN204472
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|78073864|gb|DV502298.1|DV502298
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|211026346|gb|FL457625.1|FL457625
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATYTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTYTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|60354260|gb|DN221233.1|DN221233
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|60337794|gb|DN204767.1|DN204767
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|93281433|gb|EB673697.1|EB673697
EST:     CTGCCTCTCGTCCTTTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTTTAAGCTCAGCATGCTTGCCCAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|86466258|gb|DY232630.1|DY232630
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcgtgctcacacttttttttatgttagtgcactcactgggttccttctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG
                             cactcac  putative branch site (score: 2)
                                        ttccttctat  putative PPT
          acttttttttatgtta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gaagcgctatcctggattccaggcctttacttgtggtatctgtaggcgtgctcacacttttttttatgttagtgcactcactgggttccttctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG