1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtaagtttacagtgaacatatattttgtactggatcctggcactttgtcaatgtcacaggaattagctcttccctcttgcatacaccatgtgttacacaattagactgatgtcaccaaatatactgttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G069765_T05 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGEST: gi|60358233|gb|DN225206.1|DN225206
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGEST: gi|211229383|gb|FL136771.1|FL136771
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: GCTATTGCTGTACTTGACAAA-TTGNCA-TGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGG-AATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAAT-CACTGEST: gi|211227330|gb|FL136768.1|FL136768
genomic: GCTATTGCTGTACTTGACAAAATTG-CAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGEST: gi|22472423|gb|BU036903.1|BU036903
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: GCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGCATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTEST: gi|67025927|gb|CO454676.1|CO454676
genomic: GCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATG-ATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACT
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATT GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGEST: gi|211231450|gb|FL136786.1|FL136786
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: CTATTGCTGTACTTGACAAAAT-GCA-TGGGGCTGT-GATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTEST: gi|76014861|gb|DT942031.1|DT942031
genomic: CTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGG--CTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGT
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGEST: gi|211229381|gb|FL136769.1|FL136769
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: GCTATTGCTGTACTTGACAAAAT-GCAATGGGTGGTGATGGTGA-TGATC GTGGGGCAATGCTAGGEST: gi|19350690|gb|BM895222.1|BM895222
genomic: GCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATG-TGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGEST: gi|20802750|gb|BQ293800.1|BQ293800
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: ATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGEST: gi|211229385|gb|FL136773.1|FL136773
genomic: ATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGGCA-TGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTEST: gi|211229394|gb|FL136782.1|FL136782
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGG-CAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCT
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAAATGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCCTTGTGAAGAGCTCCAT-GGNTACGAAAATCACEST: gi|87153647|gb|DY398436.1|DY398436
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCC-TTGTGAAGAGCTCCATTGG-TACGAAATTCAC
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGEST: gi|31354825|gb|CD439182.1|CD439182
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGEST: gi|211229386|gb|FL136774.1|FL136774
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGEST: gi|31354522|gb|CD438879.1|CD438879
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTEST: gi|148949761|gb|EC895244.2|EC895244
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCT
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGEST: gi|31354218|gb|CD438575.1|CD438575
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGEST: gi|22491149|gb|BU051072.1|BU051072
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTEST: gi|22542007|gb|BU092445.1|BU092445
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCT
EST: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGEST: gi|149084479|gb|EE173941.2|EE173941
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: GCTATTGCTGTACTTTGACAAA-TTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTC-ATTGGTACGAAATT
genomic: GCTATTGCTGTACTT-GACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATT
atacaccatgtgttacacaattagactgatgtcaccaaatatactgttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT
tgttaat putative branch site (score: 3)
aaatatactgttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtttacagtgaacatatattttgtactggatcctggcactttgtcaatgtcacaggaattagctcttccctcttgcatacaccatgtgttacacaattagactgatgtcaccaaatatactgttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT