Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtttacagtgaacatatattttgtactggatcctggcactttgtcaatgtcacaggaattagctcttccctcttgcatacaccatgtgttacacaattagactgatgtcaccaaatatactgttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTGTAAGCATCTTTCTTCCATGTGGAAC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G069765_T02
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G069765_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os06g34690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtaagtttacagtgaacatatattttgtactggatcctggcactttgtcaatgtcacaggaattagctcttccctcttgcatacaccatgtgttacacaattagactgatgtcaccaaatatactgttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTGTAAGCATCTTTCTTCCATGTGGAAC
|||||| ||     | | |||      |||   ||  ||  | |||   | | |   || |  ||  | |   ||  ||  |      | ||||||   ||| || |||         || |||  | ||||||||||  || |||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||                          
gtaagtatatgtcaagcttat------tac-aaatattgcaaattt--tagt-ttggagaatctatgtatcgtcttctgtgtt-----tttgttac-tgatttgagtga--------gatgtaccat-aatgcagGTGCTGCTATGCTAGGGCTAGTGAAGAGCTCTATTGGTACAAAATTCACGGGTCAGTTTGGTGACCTTATTGCT--------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149105498|gb|EE291023.2|EE291023
EST:     TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC                         GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: gi|211229383|gb|FL136771.1|FL136771
EST:     GCTATTGCTGTACTTGACAAA-TTGNCA-TGGCTGTTGATGTGAATGATC                         GTGGGG-AATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAAT-CACTG
genomic: GCTATTGCTGTACTTGACAAAATTG-CAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: gi|76014861|gb|DT942031.1|DT942031
EST:     TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC                         GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: gi|211229381|gb|FL136769.1|FL136769
EST:     GCTATTGCTGTACTTGACAAAAT-GCAATGGGTGGTGATGGTGA-TGATC                         GTGGGGCAATGCTAGG
genomic: GCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATG-TGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGG
EST: gi|211229385|gb|FL136773.1|FL136773
EST:     TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC                         GTGGGGGCA-TGCTAGGCCTTGTGAAGAGCT
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGG-CAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCT
EST: gi|211229394|gb|FL136782.1|FL136782
EST:     TGCTATTGCTGTACTTGACAAAAATGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC                         GTGGGGCAATGCTAGGCCCTTGTGAAGAGCTCCAT-GGNTACGAAAATCAC
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCC-TTGTGAAGAGCTCCATTGG-TACGAAATTCAC
EST: gi|211229386|gb|FL136774.1|FL136774
EST:     TGCTATTGCTGTACTTGACAAAAATGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC                         GTGGGGCAATGCTAGGCCCTTGTGAAGAGCTCCAT-GGNTACGAAAATCAC
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCC-TTGTGAAGAGCTCCATTGG-TACGAAATTCAC
EST: gi|31354522|gb|CD438879.1|CD438879
EST:     TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC                         GTGGGGCAATGCT
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCT
EST: gi|22491149|gb|BU051072.1|BU051072
EST:     TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC                         GTGGGGCAATGCTAGGCCT
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCT
EST: gi|87153647|gb|DY398436.1|DY398436
EST:     TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC                         GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
genomic: TGCTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTG
EST: gi|211231450|gb|FL136786.1|FL136786
EST:     CTATTGCTGTACTTGACAAAAT-GCA-TGGGGCTGT-GATGTGAATGATC                         GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGT
genomic: CTATTGCTGTACTTGACAAAATTGCAATGG--CTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGT
EST: gi|149084479|gb|EE173941.2|EE173941
EST:     GCTATTGCTGTACTTTGACAAA-TTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATC                         GTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTC-ATTGGTACGAAATT
genomic: GCTATTGCTGTACTT-GACAAAATTGCAATGGCTGTTGATGTGAATGATCgtaagtttac ... gttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atacaccatgtgttacacaattagactgatgtcaccaaatatactgttaatgcagGTGGGGCAATGCTAGGCCTTGTGAAGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTGTAAGCATCTTTCTTCCATGTGGAAC
                                            tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                    aaatatactgttaat  TA-rich tract