Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttacttttttcacacggatctgctatgcacggatgttgtagaacagagggagcaaaaaattttttatcaagattctcatgtaatgatcttttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGCTATGTTAGCTCCAAAGACAACCTTATGATTTTGATGAATCTCTTAAGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G066051_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G066051_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os07g39630.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
ttacttttttcacacggatctgctatgcacggatgttgtagaacagagggagcaaaaaatttttta---tcaagattctcatgtaatgatcttttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGCTATGTTAGCTCCAAAGACAACCTTATGATTTTGATGAATCTCTTAAGG
 |  |  ||  | | | | ||| | |     |||| ||| ||  | |  |  ||  |  |||| ||   |   ||   | || |  |  | ||  |  ||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||  || ||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||| | ||||||||||| || 
cttttccttgtaaaagta-ctgttttattttgatgctgt-gagtacactgtacactatgttttctaattttctgaagttaatatt-tacttttcccccttcagTTCTTGGGAGACATGCTGCTTGATAGATCCAACTCTACAGTCATGATGCGTTATGTTAGTTCAAAAGATAATCTTATGATTCTCATGAATCTCTTGAGA

upper sequence: GRMZM2G066051_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv12s0057g00410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
ttacttttttcacacggatctgctatgcac---ggatgttgtagaa--cagagggagcaaaaaattttttat-caagattctcatgtaatgatctttt-cgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGCTATGTTAGCTCCAAAGACAACCTTATGATTTTGATGAATCTCTTAAGG
       | | | || ||  |   |||      || |  ||    |  || | |    | ||||    | || ||  ||| |  | | ||| | |     ||||||| |||||||||||||| | || ||| | |||||| |||| || ||||| |||||||| |||||    || ||| | | |||  ||||||||||  |||| 
-------tataaaactgactttaaatgtgtttagggtaatggcagattcaaatgttttataaaagaactaatgcacaattattttctgatggtttaacatgtttcagCTGTTGGGAGATATGTTACTAGATCGTTCAAATTCTGCTGTGATGATCCGCTATGTGAGCTCACTGGATAACATGAGGATCCTGATGAATCTTCTAAGA

upper sequence: GRMZM2G066051_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: EFJ36360 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 7
ttacttttttcacacggatctgctatgcacggatgttgtagaacagagggagcaaaaaattttttatcaagattctcatgtaatgatcttttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGCTATGTTAGCTCCAAAGACAACCTTATGATTTTGATGAATCTCTTAAGG
                                         | ||         | |   || || |   | |         |  ||||||   |   || |  | || |||||||| ||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||    || ||||| ||||||   ||  ||||||||||  |  ||
---------------------------------------gtatcaatcactttgagacgcttcttttt--gttcactccaccaaaatctttgtttgctagCTTCTCGGGGATATGCTCCTGGATAAATCAAACACTGCAGTGATGATGCGCTATGTCGTGTCAAAAGAGAACCTTCGAATCATGATGAATCTTCTGCGG

upper sequence: GRMZM2G066051_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: EFJ35844 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 7
ttacttttttcacacggatctgctatgcacggatgttgtagaacagagggagcaaaaaattttttatcaagattctcatgtaatgatcttttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGCTATGTTAGCTCCAAAGACAACCTTATGATTTTGATGAATCTCTTAAGG
                                         | ||         | |   || || |   | |         |  ||||||   |   || |  | || |||||||| ||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||    || ||||| ||||||   ||  ||||||||||  |  ||
---------------------------------------gtatcaatcactttgagacgcttcttttt--gttcactccaccaaaatctttgtttgctagCTTCTCGGGGATATGCTCCTGGATAAATCAAACACTGCAGTGATGATGCGCTATGTCGTGTCAAAAGAGAACCTTCGAATCATGATGAATCTTCTCCGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37401622|gb|CF638179.1|CF638179
EST:     CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|18660671|gb|BM500986.1|BM500986
EST:     CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|148999213|gb|EE036132.2|EE036132
EST:     CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|149082295|gb|EE171480.2|EE171480
EST:     CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|111192096|gb|EE290232.1|EE290232
EST:     TTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|37386784|gb|CF630581.1|CF630581
EST:     CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAATAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|149041351|gb|EE046989.2|EE046989
EST:     CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|78107218|gb|DV525636.1|DV525636
EST:     CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|86475161|gb|DY241531.1|DY241531
EST:     AAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: AAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|33467028|gb|CF244077.1|CF244077
EST:     TTAGGTTGCTGTCATCACCCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|60354560|gb|DN221533.1|DN221533
EST:     CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|5895944|gb|AW037190.1|AW037190
EST:     CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|6056704|gb|AW091109.1|AW091109
EST:     NTAGGTTGCTGTCATCANCCANCTNCATANCAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|6445388|gb|AW179351.1|AW179351
EST:     CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|6056599|gb|AW091004.1|AW091004
EST:     CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|3157331|gb|AA979953.1|AA979953
EST:     CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|5525422|gb|AI861315.1|AI861315
EST:     TTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|24769447|gb|CA404576.1|CA404576
EST:     CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|60350125|gb|DN217098.1|DN217098
EST:     CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|211020659|gb|FL429513.1|FL429513
EST:     CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
EST: gi|71328879|gb|DR801122.1|DR801122
EST:     TTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAG                         TTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC
genomic: CTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 198

TTCTTTGAAGAATTTAACTCTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGCTATGTTAGCTCCAAAGACAACCTTATGATTTTGATGAATCTCTTAAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 293

TTCTTTGAAGAATTTAACTCTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGCTATGTTAGCTCCAAAGACAACCTTATGATTTTGATGAATCTCTTAAGG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 226

TTCTTTGAAGAATTTAACTCTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGCTATGTTAGCTCCAAAGACAACCTTATGATTTTGATGAATCTCTTAAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 214

TTCTTTGAAGAATTTAACTCTAGGTTGCTGTCATCAACCAACTACATAACAAAAAGGCAAGCTATCAAGgtactgctac ... ttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGCTATGTTAGCTCCAAAGACAACCTTATGATTTTGATGAATCTCTTAAGG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagggagcaaaaaattttttatcaagattctcatgtaatgatcttttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGCTATGTTAGCTCCAAAGACAACCTTATGATTTTGATGAATCTCTTAAGG
                                         tcttttcgtttc  CT-rich tract
        aaaaaattttttatca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttacttttttcacacggatctgctatgcacggatgttgtagaacagagggagcaaaaaattttttatcaagattctcatgtaatgatcttttcgtttcagTTGTTGGGAGATATGCTGCTGGATAGATCAAATGCTGCAGTCATGATGCGCTATGTTAGCTCCAAAGACAACCTTATGATTTTGATGAATCTCTTAAGG

- - - - - - - - -atctgct
- - - - - - - - - - - - atgcacg
- - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaacaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgtaa