Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatgctaccagctttatcatttgagcatatttatatattaggctgctctgttggaacggtttttcctgcaatctgaacttctgaagcatacagaatcttgtgtatatccatttgacgattatgttataattgatagATGGTGTCTGAGCGCCAAAAAATTGAAGCACCCCTGACTCCAGCAGCTGACAATTACATGCCACCACCACCACCATCTTATGATGAAGTTAACGGAGCGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G065176_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G065176_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os04g45670.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtatgtatgctaccagctttatcatttgagcatatttatatattaggctgctctgttggaacggtttttcctgcaatctgaacttctgaagcatacagaa-tcttgtgtatatccatttgacgattatgttataattga--tagATGGTGTCTGAGCGCCAAAAAATTGAAGCACCCCTGACTCCAGCAGCTGACAATTACATGCCACCACCACCACCATCTTATGATGAAGTTAACGGAGCGT
|||||||| || |||||  |||         | |||| | |   |   ||  ||||||  || |     ||  ||  |||      | |||  | ||||| || | | |  ||| | || | |||||| || | ||||   |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| | ||| ||| |||| || ||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||||| || ||   ||
gtatgtatact-ccagcactatt-------tacattttttttaaaacatggcctgttgacacag-----cccacacactg------tcaagtgtgcagaagtcctatcttcatcaagttaatgattattttttgattggtttagATGGTATCAGAGCGTCAAAAGATTGAAGCACCTCCGACCCCATCAGCAGAAAATTACATGGCACAGCCACCACCATCTTATGACGAAGTCAATGGCATGT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaagcatacagaatcttgtgtatatccatttgacgattatgttataattgatagATGGTGTCTGAGCGCCAAAAAATTGAAGCACCCCTGACTCCAGCAGCTGACAATTACATGCCACCACCACCACCATCTTATGATGAAGTTAACGGAGCGT
                            atttgac  putative branch site (score: 4)
                                    attatgttataattga  TA-rich tract