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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgtttccatgctttgttgatctcgtcccttttgcaatccattcgcccataattcgtttatgtgcattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATCCAGGAAAACCAAGCAGAGTTTATGCGGTTGATTAGTGAGCCACTAGAGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G061620_T05
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G061620_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os09g24200.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gtctgtttccatgctttgttgatctcgtcccttttgcaatccattcgcc-cataattcgtttatgtgcattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATCCAGGAAAACCAAGCAGAGTTTATGCGGTTGATTAGTGAGCCACTAGAGG
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gttt-ttctcatactgctttccttaaaaataaaaaaaaaataaaaaacctcactgactggcca-attcatt-tgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGGAAACAAAATCCCCAGATTTTGCAGCTGATTCAGGAAAACCAAGCTGAGTTCCTCCACTTAATCAATGAACCAGCTGAGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|4804466|gb|AI665336.2|AI665336
EST:     TGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: TGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|78078955|gb|DV507367.1|DV507367
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|33092724|gb|CF052718.1|CF052718
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|88748485|gb|DY532626.1|DY532626
EST:     TCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAAT
genomic: TCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAAC-AAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAAT
EST: gi|211179390|gb|FL472344.1|FL472344
EST:     GGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: GGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|60396214|gb|DN229083.1|DN229083
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|32944591|gb|CF049410.1|CF049410
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|6431881|gb|AW172085.1|AW172085
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|101401580|gb|EB822466.1|EB822466
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGTTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|211510600|gb|FL470556.1|FL470556
EST:     AGTTCCAAACCCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCA-TGCTTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAAT
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGC-TTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAAT
EST: gi|16927288|gb|BM080357.1|BM080357
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|33103619|gb|CF063579.1|CF063579
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|78073733|gb|DV502167.1|DV502167
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|32850730|gb|CD990411.1|CD990411
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|211460054|gb|FL445989.1|FL445989
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|211460055|gb|FL445990.1|FL445990
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|33104092|gb|CF064052.1|CF064052
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|76288771|gb|DV028339.1|DV028339
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|16926213|gb|BM079281.1|BM079281
EST:     G-TCCAAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: GTTCC-AAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|33103634|gb|CF063594.1|CF063594
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|78078954|gb|DV507366.1|DV507366
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|60355834|gb|DN222807.1|DN222807
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|76280697|gb|DV020265.1|DV020265
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|60339280|gb|DN206253.1|DN206253
EST:     TTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: TTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|18173700|gb|BM349088.1|BM349088
EST:     TACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGAAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: TACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|4966941|gb|AI691754.1|AI691754
EST:     AGGCTAACCCTCAAATTTTCCAG                         CCATTGNTTCAAGAATTGAGGAACCAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atctcgtcccttttgcaatccattcgcccataattcgtttatgtgcattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATCCAGGAAAACCAAGCAGAGTTTATGCGGTTGATTAGTGAGCCACTAGAGG
 tgttgat  putative branch site (score: 4)
                             ataatt  TA-rich tract