1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...atttatgttgatttttgaatctttagtcataaatatatctcgcctaggcttgttgttattatgtcacagtagtgatctgattgcaatgccttttttctagGGGGCATTGTAAACGATTCCCTACGTCCTCAAATTCCTTCATGGTGTGATCCTGAGTGGAAGGGATTGATGGAAAGCTGTTGGTCCAGTGATCCAGCTGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G052658_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTTACTGGGGAAGAGCCATACTCTGGCATGCGTGCTGCTGAAATTATTG GGGGCATTGTAAACGATTCCCTACGTCCTCAAATTCCTTCGTGGTGTGATCEST: gi|116814956|gb|EC857584.1|EC857584
genomic: GCTTACTGGGGAAGAGCCATACTCTGGCATGCGTGCTGCTGAAATTATTGgtaatgtcca ... ttttttctagGGGGCATTGTAAACGATTCCCTACGTCCTCAAATTCCTTCATGGTGTGATC
EST: GCTTACTGGGGAAGAGCCATACTCTGGCATGCGTGCTGCTGAAATTATTG GGGGCATTGTAAACGATTCCCTACGTCCTCAAATTCCTTCATGGTGTGATC
genomic: GCTTACTGGGGAAGAGCCATACTCTGGCATGCGTGCTGCTGAAATTATTGgtaatgtcca ... ttttttctagGGGGCATTGTAAACGATTCCCTACGTCCTCAAATTCCTTCATGGTGTGATC
aggcttgttgttattatgtcacagtagtgatctgattgcaatgccttttttctagGGGGCATTGTAAACGATTCCCTACGTCCTCAAATTCCTTCATGGTGTGATCCTGAGTGGAAGGGATTGATGGAAAGCTGTTGGTCCAGTGATCCAGCTGA
atctgat putative branch site (score: 90)
tgccttttttct putative PPT
ttgttattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atttatgttgatttttgaatctttagtcataaatatatctcgcctaggcttgttgttattatgtcacagtagtgatctgattgcaatgccttttttctagGGGGCATTGTAAACGATTCCCTACGTCCTCAAATTCCTTCATGGTGTGATCCTGAGTGGAAGGGATTGATGGAAAGCTGTTGGTCCAGTGATCCAGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - -tgttgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgattgc