Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttttatttaagtcccataatacaaatatataaggcggacgttcttcgtagccgatacataaatagatttcgtctgtaatcattgtaatcatggtatgcagATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCCAGCATCGCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G043893_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89247433|gb|DY619219.1|DY619219
EST:     TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAG                         ATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
genomic: TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAGgtaaccattt ... tggtatgcagATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
EST: gi|101393107|gb|EB818484.1|EB818484
EST:     TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAG                         ATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
genomic: TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAGgtaaccattt ... tggtatgcagATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
EST: gi|148958192|gb|EC904397.2|EC904397
EST:     TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAG                         ATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
genomic: TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAGgtaaccattt ... tggtatgcagATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
EST: gi|148991871|gb|EE033465.2|EE033465
EST:     TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAG                         ATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
genomic: TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAGgtaaccattt ... tggtatgcagATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
EST: gi|149001041|gb|EE038290.2|EE038290
EST:     TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAG                         ATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
genomic: TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAGgtaaccattt ... tggtatgcagATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
EST: gi|71774294|gb|DR972172.1|DR972172
EST:     TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAG                         ATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
genomic: TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAGgtaaccattt ... tggtatgcagATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
EST: gi|149076392|gb|EE165010.2|EE165010
EST:     TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAG                         ATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
genomic: TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAGgtaaccattt ... tggtatgcagATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
EST: gi|71758309|gb|DR956246.1|DR956246
EST:     TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAG                         ATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
genomic: TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAGgtaaccattt ... tggtatgcagATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
EST: gi|76913694|gb|DV165227.1|DV165227
EST:     TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAG                         ATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
genomic: TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAGgtaaccattt ... tggtatgcagATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
EST: gi|89252259|gb|DY624045.1|DY624045
EST:     TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAG                         ATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
genomic: TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAGgtaaccattt ... tggtatgcagATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
EST: gi|71318207|gb|DR795866.1|DR795866
EST:     TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAG                         ATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
genomic: TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAGgtaaccattt ... tggtatgcagATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
EST: gi|74236861|gb|DT644775.1|DT644775
EST:     TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAG                         ATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC
genomic: TTACACTGGCTGACGCTTTGGTCTATGCTTGTAACCAAGGTGTTGACAAGgtaaccattt ... tggtatgcagATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgtagccgatacataaatagatttcgtctgtaatcattgtaatcatggtatgcagATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCCAGCATCGCTG
        atacataaatagattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttttatttaagtcccataatacaaatatataaggcggacgttcttcgtagccgatacataaatagatttcgtctgtaatcattgtaatcatggtatgcagATTATTGATCTGGCGACGTTAACGGGTGCTATTCGTGTCGCGCTTGGGCCCAGCATCGCTG

- - - - - - - - - atacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acataaa